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lowQualScore                  :    .  . .  . .  .  .   .... ....  ...     .....  ..   .  .  .   .... . . . ...   . ..    .  .. ..   ....     . ..   .. . .    ..   .. .  .      . .   .....  .   ..   .   ...........   .  .   ..    ....  .. . ..... ..      .  ... . ..  ... .. .  ..........  ... ...  ..      ...............   ................... .   ......   ..     ... ......  ......... . .............. . ....  .... ..  . .............      .. .  . .   ..... ........ ..   . .  ..  ....  .............. ...  .   ...  . . .     . .   ... .. .   .. .     ..       
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Reference ( gi|15156 )        : CAT-AA-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---ACATG-----AA--CAA-GATTTTACA---AT-T-T-C---AAT-T--TTTA-AC--A-CTGGG--TTTTTA-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-AC-AT-TTAAAA-AGTTC--CT-GA-ATA-ACTT-TCA--T---T----TGA-TA-AAG--TTCA----TC--A-T-----C--ATTTTC-ATT--A-G--CA---T--C-ATG-TA-AT---AG---GA--TT--TTAATTA---------T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CCGGA---C------TA---------C-T---T-A--------T-A-A--AT----G--AT-A-------T-----TTTGGT--A-GT-C-CGG-----G-A------C--AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-A-GG-C-T-ACCGG-A-CTAG--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTG
gi|15157                      : CAT-AA-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---ACATG-----AA--CAA-GATTTTTTA---TT-T-T-C---AAT-T--TTTA-GC--A-TTGGG--TTTTTA-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-AC-AT-TAAAAA-AGTTC--CT-GA-ATA-TCTT-TCA--T---T----TGA-TA-AAG--TTCA----TC--A-T-----C--ATTTTC-ATC--A-G--CA---T--C-ATG-T--AT---AG---GG--TT--TTAATTA---------T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CCGGA---C------TA---------C-T---T-A--------T-A-A--AT----G--AT-A-------T-----TTTGGT--T-GT-C-CGG-----G-A------C--AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGG-A-CTAG--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTG
gi|15158                      : CAT-AA-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---AAATG-----AA--CAA-GATTTTACA---AT-T-T-C---AAT-T--TTCA-AC--A-CTGGG--ATTTTA-C--ATCTAA-A-GTCC-AAAA-AT-AT-TTAAAA-AGTTC--CT-GA-ATA-TCTT-TCA--T---T----TGA-TA-AAG--TTCA----TT--A-T-----C--ATTTTT-ATG--A-G--CA---T--C-ATG-T--AT---AG---GG--TT--TTAATTA---------T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CCGGA---C------TA---------C-T---T-ATACCG---T-A-A--AT----G--AT-A-------T-----TTTGGT--A-GT-C-CGG-----G-A------C--AAA-A-GT--TA----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGG-A-CTAG--C--
gi|15159                      : CAT-AA-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---ACATGCATTGAA--CAA-GATTTTACA---TT-T-T-C---AAT-T--TTTA-AC--A-CTGGA--TTTTTA-TCAATC--A-A-GTTC-AAAACAT-GT-TTAAGA-AAATT--AT-GA-ATA-TCTT-TCA--G---A-----GA-TA-AAG--TTCA----TC--A-T-----G--ATTTTC-TTT--CCG--CA---T--C-AT--TA-TA---AG---GG--TT--TGAATTA---------T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CCGGA---C------TA---------C-T---T-A--------TAA-A--AT----G--AT-A-------------TTTGGT--A-GT-C-CGG-----G-A------CA-AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGG-A-C-AG--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTG
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gi|15164                      : CAT-AA-T-AT-C-GA-CTTGTT----GTATTGA---ACTAG-----AAAACAA-GATTTTACA---TT-T-T-C---A------------------------TTTTTA--------------------AA-AC-AT-TTAAAA-AGTTC---T-GA-ATA-ACTT-TCA--T---T----TGA-TAGAAG--TTCAT---TC--ATT-----C--ATTTTC-AGTCGA-GC-CA---T--C-ATG-T--AT---AGATAGATTTT--TTAATTA---------G----TGAC--G---------------T-AGT------CCA--CCGAC---C------TA---------C-T---T-AC-------T-G-A--AT----G--GT-A-------TTA---TTTGGT--A-GT-CTCGG-----GAA------C--AAA-A-TT--TA-----T--------------A---GC-CTC-G-GG-C-TGACTGG-AGCTAT--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTtcttttactagcctcgggctaccggactagccggttagtgtcgaac
gi|15165                      : CATCAA-T-AT-C-AAACT-GT-----G----GA---ACATG-----AA--CAA-GATTTAACA------------------T--TTTA-TC--A-----A--TTTTAA-C--ATC--A-A-GTCC--AAA-AC-AT-TTAAAA-A-TTC--ATGGA-ATATTCTT-TCATGT---T----CGA-TA-AAAGTTTCA----TCAGA-T-----C--ATTTTCTATC--A-GC-CA---T--CGATT-T--AT---AG---GG--TT--TAGATTA---------TA---TTA---G---------------T---T------CC---CGGGAACCC------TA---------CTT---T-A--------T-A-A--AT----A--A--A-------T-----TTTGGT--A-GT-C-CGGACCTAG-AAAACCCC--AGA-ATTT--TAGATTCT--------------A---GC-CTC---GG-A-T-GTC-----CTAC--C--G-TTAGTG-TGTCG--AGCC
gi|15166                      :      A-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---ACATG-----AA--CAACGA-TTTACA---TT-T-T-C---AAT-T--TTTA-AC--A-CTGTG--TTTTTA-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-AC-ATATTAAAA-AGTTC--CT-GA-ATA-TCTTAT----T---T----TGA-TA-AAG--TTCA----TC--A-T-----C--ATTTTC-ATC--A-G--CA---T--CAATGTTA-ATGTAAA---GG--TT--TT-ATTA---------T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CC-GA---C------TA---------T-T---T-A--------T-A-A--AT----G--AT-A-------T-----TTTGGT--A-GT-C-CGG-----G-A------C--AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGGAA-CTAG--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTG
gi|15167                      :      A-T-ATTC-AA-CT-GTT----G-----A---ACA-G-----AA---AA-AATTT-ACA----T-T-T-C---AAT-T--TTTA-AC--A--TGG----TTTTACC--ATCA-A-A-GTCCAAAAA-AC-A--TTAAAA-ATTTA--CT-
gi|15168                      :       -T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA----CATG-----AA--CAA-GATTTC-CA---TT-TGT-CCAGAAT-T--TTTACAC--A-CTGGA--TTTTTA-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-ACGGTGTTAAAA-AATACGATG-GA-ATA-TCTT-TCAG-TA--T----TGAGTA-AAGT-TTCA----TCA-A-T-----C--ATTT---ATC--A-G--TA---T--C-ATT-T--AT---AG---GA---T--TTAATTA---------TGCCATTA---A---------------T-AGTCAGTCCCCAT-CCGGA---C------TA---------C-T---TCA--------T-AGA--AT-------AT-A-------TA----TTTGGT--ATGT-C-CGG-----GAA------CCAAAA-A-CTAATA----CTC-------------A---GCTCTC-G-GG-CGT-ACCGG-A-CTAGCAC--G-TTA--G-TGTCGAAAACCCT
gi|15169                      :                    -GTT----G----GA----CACG-----AA--C---GATTT--CA---TT-T-T-CG--AAT-T--TTTA--C--T-CTGG-----TTTA-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA--C-AT-TTAAAA-AGGTC--CT-GA-ATA-TCTT-TGA--TTCAT----TGA-TA-AG----TCA----TT--A-
gi|15170                      :                                                                                                                                                                                                           C--A-T-----CTAATATTT-ACT--A-G--CACGAT--C-AT--TG-A----GG---GA--TT--TTGATCACAAGTTAAAT----TTA---C---------------T-AGC------CCC--GAGGA---CGCA---TG---------C-TCTTT-A--------C-A-A--AT----C--AC--------------------T--A-GC-C-CAA-----A-C------CC-AAA-A-TT--TA----CT--------------G---GC-CCC-G-GA-C-C-ATCGG-A-CCAT--C--G-TTT--A-TTTCG--AGCCCTGgtacaatcagca
gi|15171                      :                                                                                                                                                                                                                              C-ATC--A-GTCCA---TTCC-AT--TA-ATTT-AA---GG--TT--TTAATT----------T----TCA---G---------------T-AGT------CTA--CAAGA---C------TA---------C-C---C-A--------A-A-T--AT----G--AT-A-------T-----TCTGAT--A-GT-C-CGT-----G-T------C--AAA-A-TT--TG----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGG-A-CTAG--C--G-TTA--A-TGTCG--AACACTG
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Reference ( family-725 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAT-AA-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---ACATG-----AA--CAA-GATTTTACATT-T-T---C---AAT-T--TTTA-AC--A-CTGGGTTTTT--A-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-AC-AT-TTAAAA-AGTTC--CT-G-A-ATA-TCTTTCA--T---T----TGA-TA-AAG--TTCA-T----C--A-T-----CATTTTC-A-TC-AG--CA-T--C-------ATGT--A---T-AG--GG---TT--TTAATTA-T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CCGGA---C------TA---------C-TT-A--------T-A-A--AT----G--AT-A-------T-----TTTGGT--A-GT-C-CGG-----G-A------C--AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGG-A-CTAG--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTG
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Reference ( family-725 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAT-AA-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---ACATG-----AA--CAA-GATTTTACATT-T-T---C---AAT-T--TTTA-AC--A-CTGGGTTTTT--A-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-AC-AT-TTAAAA-AGTTC--CT-G-A-ATA-TCTTTCA--T---T----TGA-TA-AAG--TTCA-T----C--A-T-----CATTTTC-A-TC-AG--CA-T--C-------ATGT--A---T-AG--GG---TT--TTAATTA-T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CCGGA---C------TA---------C-TT-A--------T-A-A--AT----G--AT-A-------T-----TTTGGT--A-GT-C-CGG-----G-A------C--AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGG-A-CTAG--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTG
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gi|15178                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -T----TCA---G---------------TTAGT------CCG--CTGGA---C------TT---------C-TC-G--------T-A-A--CT----G--AT-A-------T-----TCTGAT--A-GT-C-CAG-----G-A------C--AAA-A-TT--GA----CT--------------A---GC-CTC---GG-C-T-ACTGG-A-CTAG--T--G-TTA--G-TGTCA--AAC
gi|15179                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-GCGG-C---ACCGG-A-CT----C--G-TTA--G-T-TCG--AACCCTG
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .  . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     T     . T     .     . .     .  .  C    AT    .  . .    .  . .    .    A  .  .      . G   A   . . .   .       TTA           .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        T .  .   .  .   .    .       A  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  AC         . A     .    .   . TA                 .  .  . .   .     A        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   G   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .  . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     T     . T     .     . .     .  .  C    GT    .  . .    .  . .    .    A  .  .      . T   C   . . .   .       TTT           .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        G .  .   .  .   .    .       A  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  CA         . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     A        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   G   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .  . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     T     . C     .     . .     .  .  C    GT    .  . .    .  . .    .    A  .  .      . G   A   . . .   .       TT            .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        G .  .   .  .   .    .       A  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  A          . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     A        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   G   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .  . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     A     . T     .     . .     .  .  C    AT    .  . .    .  . .    .    A  .  .      . G   C   . . .   .       TT            .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        T .  .   .  .   .    .       A  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  A          . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     A        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   T   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .  . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     T     . T     .     . .     .  .  C    T     .  . .    .  . .    .    A  .  .      . G   A   . . .   .       TT            .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        G .  .   .  .   .    .       A  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  A          . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     A        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   C   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     C     . T     .     . .     .  .  C    .     .  . .    .  . .    .    A  .  .      . T   C   . . .   .       AT            .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        T .  .   .  .   .    .       A  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  A          . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     A        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   G   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     .     . T     .     . .     .  .  .    .     .  . .    .  . .    .    .  .  .      . A   C   . . .   .       TT            .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        A .  .   .  .   .    .       A  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  A          . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     A        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   T   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             . .  . .  .  .   .    .     .       .      .    .     .     . .     .     . .     .  .  .    .     .  . .    .  . .    .    .  .  .      . G   C   . . .   .       G             .  .   .     . .    .  . .           . .  .  .   . .  .        . .  .   .  .   .    .       T  .      A                   .   .        .      .   .       .         .  A          . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     T        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   G   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .   .    .     .       .      .    .     .     . .     .     . .     .  .  .    .     .  . .    .  . .    .    .  .  .      . .   .   .                                                                  . .  .  .   . .  .        . .  .   .  .   .    .       T  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  A          . T     .    .   . T                  .  .  . .   .     T        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   G   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   . .  .  .   . .  .        . .  .   .  .   .    .       T  .      G                   .   .        .      .   .       .         .  A          . T     .    .   . T                  .  .  . .   .     C        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   T   .  .   .  .     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .   .                  .   .  .   .    .       A  .      C                   .   .        .      .   .       .         .  G          . A     .    .   . T                  .  .  . .   .     G        .    . .  .   .     .              .    .   . .  . . .     . .   A   .  .   .  .     . 
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Reference ( family-725 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAT-AA-T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA---ACATG-----AA--CAA-GATTTTACATT-T-T---C---AAT-T--TTTA-AC--A-CTGGGTTTTT--A-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-AC-AT-TTAAAA-AGTTC--CT-G-A-ATA-TCTTTCA--T---T----TGA-TA-AAG--TTCA-T----C--A-T-----CATTTTC-A-TC-AG--CA-T--C-------ATGT--A---T-AG--GG---TT--TTAATTA-T----TTA---G---------------T-AGT------CCA--CCGGA---C------TA---------C-TT-A--------T-A-A--AT----G--AT-A-------T-----TTTGGT--A-GT-C-CGG-----G-A------C--AAA-A-TT--TA----CT--------------A---GC-CTC-G-GG-C-T-ACCGG-A-CTAG--C--G-TTA--G-TGTCG--AACCCTG
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gi|15168                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -T-AT-C-AA-CT-GTT----G----GA----CATG-----AA--CAA-GATTTC-CATT-TGT---CCAGAAT-T--TTTACAC--A-CTGGATTTTT--A-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA-ACGGTGTTAAAA-AATACGATG-G-A-ATA-TCTTTCAG-TA--T----TGAGTA-AAGT-TTCA-T----CA-A-T-----CATTT---A-TC-AG--TA-T--C-------ATTT--A---T-AG--GA----T--TTAATTA-TGCCATTA---A---------------T-AGTCAGTCCCCAT-CCGGA---C------TA---------C-TTCA--------T-AGA--AT-------AT-A-------TA----TTTGGT--ATGT-C-CGG-----GAA------CCAAAA-A-CTAATA----CTC-------------A---GCTCTC-G-GG-CGT-ACCGG-A-CTAGCAC--G-TTA--G-TGTCGAAAACCCT
gi|15169                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -GTT----G----GA----CACG-----AA--C---GATTT--CATT-T-T---CG--AAT-T--TTTA--C--T-CTGG---TTT--A-C--ATC--A-A-GTCC-AAAA--C-AT-TTAAAA-AGGTC--CT-G-A-ATA-TCTTTGA--TTCAT----TGA-TA-A-------G-T----C--A-T-----TAGTACA-A-TC-AG--CA-
gi|15170                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ------C--AAA-A-TT--TA----CT--------------G---GC-CCC-G-GA-C-C-ATCGG-A-CCAT--C--G-TTT--A-TTTCG--AGCCCTG
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