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lowQualScore                  :  .     .  .     . ..     . ......  . .  .... ... . .  ..  ...  .....   ........  . ...................  .... ...    .     .     .     
lowQualScore                  :  9     2  6     2 44     1 000000  4 2  6666 111 2 8  77  222  11111   11111111  3 0000000000000000000  5555 333    0     8     2     
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Reference ( gi|76319 )        : TGATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----T---TCGCAAGAAA-ATTCGCCAGAA
gi|76318                      : TGATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-C---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----T---TCGC-AGAAA-ATTCGCCAGAA
gi|76313                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CT-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATA----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CA----T---TCGC-AGAAA-ATTCGTCACAA
gi|76316                      : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A------T-TT-GG----CG----T---TCGC-AGAAA-ATTCATCA
gi|76322                      : TAATGTT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GT-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----G-TT-GG----CG----T---TCGC-AGAAA-ATACGTCAGAAca
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Alignments
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lowQualScore                  :        .  .     . ..     . ......  . .  .... ... . .  ..  ...  ......  ........  . ..........  . .....  ....     ..               
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Reference ( family-693 )      : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGTCAGAA
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Alignments
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Reference ( family-693 )      : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGTCAGAA
gi|76313                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CT-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATA----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CA----TTCGC-AGAAAATTCGTCACAA
gi|76314                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTGACGCA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGC
gi|76315                      : TAATGCT-GC-TCTCAGCGAGCTTT-G---CTGGA-A-TA----TGTAC-A-TTTGGC---GA-----ATA----A---AG-A--------T-GT-GG----TG----TTTGC-AGAAAATTCG
gi|76316                      : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A------T-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATTCATCA
gi|76317                      : TAATACT-GC-TCTCT-C--ACTAT-G---CT-GA-A-TA----T---C-C-GT--GC---GA-----TTGACATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGCca
gi|76318                      : TGATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-C---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATTCGCCAGAA
gi|76319                      : TGATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGCCAGAA
gi|76320                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----ACATAG-A-A-TGTCAT-TC-GC----CGCTCATTCGCAA
gi|76321                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GGACC--G--A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----ACATAA-G-A-TGTCAT-TC-GC----CGCTCATTCGCAAtga
gi|76322                      : TAATGTT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GT-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----G-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATACGTCAGAAtga
gi|76323                      : TAATACT-GC-TCTCA----ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----
gi|76324                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTGTCATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGCtcatagaataagatgctattcgc
gi|76325                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTGTCATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGC
gi|76326                      : TAATACT-GC-TCTCA-A--ACTAT-GC--C--GA-A-TT----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----A---AATA-A-T----C-TT-GAATGTCA----TTCGC
gi|76327                      : TAATACT-AC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--
gi|76328                      :  AATGCT-GGGTCTCA-C--ACTATTG---C--GA-A-TA----T---CGC-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A---T----T-TT-GG----CG----TTCGCA--AAAATTCGTCAGAA
gi|76329                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----G---AA-A-T-T----T-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76330                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-----C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG--------GA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCA--GAAATTCGTCAGAA
gi|76331                      :   ATGCT-G--TCTCAAC--ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----G---AA-A-T-T----T-TT-GG----CG----TTC-C-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76332                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GAGA-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-G----TGTT-GG----TG----TTCGCAGAAAAGTTCGTCAGAA
gi|76333                      :   ATGCTTGC-TCTCG-CC-ACTAC-C---C--GA-ACTA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TTCGG----CG-----TCGC-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76334                      :   ATGCTTGC-TCTCA-CC-ACTAC-C---C--GATC-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-ATT----T-TT-GG----CG-----TCGC-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76335                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TAGTATT---C-C-TT--GCCAGGG-----ATG----A---AA-A-A-A----T-TT-GG----CG----T---CGAG-AAATTCGTCAGAA
gi|76336                      :   ATTCT-GC-ACTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-CTTT--GC---GATTAACATA----A---GA-A-----------T-GC----CA----TTCGC
gi|76337                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-
gi|76338                      :     GCT-GC-TCTCA-C--ACTATAG---CCGAA-A-TA----T---C-CTTT--GC---GA-----TTGTCATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGC
gi|76339                      :                                    -A-TA----T---T-CATT--GC---GA-----ATG----A---AA-ATA-T----G-TT-------TG----TTCGCA-GAAAATTCGTCAGAAcggtcactcgcaatga


blockSeqs                     :        T  G     G GA     T GACC    G C  GTAT GTA G T  TG  CAG  TTAACA  ACGCA     T ATGTCAT     C AATGT  CTCA     AA
blockSeqs                     :        T  .     A C      A CTG     T .  .    .   . T  .   .    T       ACATA     . ATGTCAT     . T      CTCA     AA
blockSeqs                     :        .  .     . C      . CCG     . .  .    .   . A  .   .    A       TCATA     . AGTG        . G      .        AA
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    A       TCATA     . ATTT        . G      .        AG
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    T       TCATA     . TATG        . T      .        GA
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CT      . .  .    .   . .  .   .    A       ACAT      . ATT         . G      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    A       ACAT      . ATT         . G      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    T       A         . ATG         . C      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    T       A         . ATC         . C      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    A       A         . TTT         . G      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    T       A         . ATT         . T      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    T       A         . TTT         . T      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    T       A         . ATT         . G      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    T       A         . AAT         . G      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    A       G         . AT          . G      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    A       G         . TT          . G      .        A 
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    A       A         . A           . G      .          
blockSeqs                     :        .  .     . .      . CC      . .  .    .   . .  .   .    A       A         . T           . G      .          
blockSeqs                     :        .  .     . .      . C       . .  .    .   . .  .   .    A       A         . A           . G      .          
blockSeqs                     :        .  .     . .      . C       . .  .    .   . .  .   .    A       A         . A           . G      .          
blockSeqs                     :        .  .     . .      . C       . .  .    .   . .  .   .    A       A         . A           . C      .          
blockSeqs                     :        .  .     . .      . C       . .  .    .   . .  .   .    A       A         . A           . T      .          
blockSeqs                     :        .  .     . .      . C       . .  .    .   . .  .   .    T       .         . .           . .      .          
blockSeqs                     :        .  .     . .      . C       . .  .    .   . .  .   .    A                                                   
blockSeqs                     :        .  .     . .      . C       . .  .    .   . .  .                                                            
blockSeqs                     :                                    . .  .    .   .                                                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGTCAGAA
finalCons                     : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGTCAGAA





Alignments
lowQualScore                  :                            222222                                      11111111    1111111111                    11               
lowQualScore                  :        3  1     3 55     3 111111  3 1  3333 222 1 4  22  222  444444  77777777  1 8888888888  1 33333  7777     88               
lowQualScore                  :        .  .     . ..     . ......  . .  .... ... . .  ..  ...  ......  ........  . ..........  . .....  ....     ..               
lowQualScore                  :        1  5     1 22     1 555555  0 5  1111 666 5 6  11  888  444444  11111111  7 3333333333  7 66666  1111     44               
consensus                     : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGTCAGAA
Reference ( family-693 )      : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGTCAGAA
gi|76313                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CT-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATA----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CA----TTCGC-AGAAAATTCGTCACAA
gi|76314                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTGACGCA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGC
gi|76315                      : TAATGCT-GC-TCTCAGCGAGCTTT-G---CTGGA-A-TA----TGTAC-A-TTTGGC---GA-----ATA----A---AG-A--------T-GT-GG----TG----TTTGC-AGAAAATTCG
gi|76316                      : TAATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A------T-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATTCATCA
gi|76317                      : TAATACT-GC-TCTCT-C--ACTAT-G---CT-GA-A-TA----T---C-C-GT--GC---GA-----TTGACATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGCca
gi|76318                      : TGATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-C---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATTCGCCAGAA
gi|76319                      : TGATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCAAGAAAATTCGCCAGAA
gi|76320                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----ACATAG-A-A-TGTCAT-TC-GC----CGCTCATTCGCAA
gi|76321                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GGACC--G--A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----ACATAA-G-A-TGTCAT-TC-GC----CGCTCATTCGCAAtga
gi|76322                      : TAATGTT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GT-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----G-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATACGTCAGAAtga
gi|76323                      : TAATACT-GC-TCTCA----ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----
gi|76324                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTGTCATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGCtcatagaataagatgctattcgc
gi|76325                      : TAATACT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----TTGTCATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGC
gi|76326                      : TAATACT-GC-TCTCA-A--ACTAT-GC--C--GA-A-TT----T---C-C-TT--GC---GA-----TTG----A---AATA-A-T----C-TT-GAATGTCA----TTCGC
gi|76327                      : TAATACT-AC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-C-TT--
gi|76328                      :  AATGCT-GGGTCTCA-C--ACTATTG---C--GA-A-TA----T---CGC-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A---T----T-TT-GG----CG----TTCGCA--AAAATTCGTCAGAA
gi|76329                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----G---AA-A-T-T----T-TT-GG----CG----TTCGC-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76330                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-----C--GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG--------GA-A-A-T----T-TT-GG----CG----TTCGCA--GAAATTCGTCAGAA
gi|76331                      :   ATGCT-G--TCTCAAC--ACTAT-G---CC-GA-A-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----G---AA-A-T-T----T-TT-GG----CG----TTC-C-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76332                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-G---CC-GAGA-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-G----TGTT-GG----TG----TTCGCAGAAAAGTTCGTCAGAA
gi|76333                      :   ATGCTTGC-TCTCG-CC-ACTAC-C---C--GA-ACTA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-A-T----T-TTCGG----CG-----TCGC-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76334                      :   ATGCTTGC-TCTCA-CC-ACTAC-C---C--GATC-TA----T---C-C-TT--GC---GA-----ATG----A---AA-A-ATT----T-TT-GG----CG-----TCGC-AGAAAATTCGTCAGAA
gi|76335                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TAGTATT---C-C-TT--GCCAGGG-----ATG----A---AA-A-A-A----T-TT-GG----CG----T---CGAG-AAATTCGTCAGAA
gi|76336                      :   ATTCT-GC-ACTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-CTTT--GC---GATTAACATA----A---GA-A-----------T-GC----CA----TTCGC
gi|76337                      :   ATGCT-GC-TCTCA-C--ACTAT-GC--C--GA-A-TA----T---C-
gi|76338                      :     GCT-GC-TCTCA-C--ACTATAG---CCGAA-A-TA----T---C-CTTT--GC---GA-----TTGTCATA---AG-A-A---------T-GT----CA----TTCGC
gi|76339                      :                                    -A-TA----T---T-CATT--GC---GA-----ATG----A---AA-ATA-T----G-TT-------TG----TTCGCA-GAAAATTCGTCAGAAcggtcactcgcaatga