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lowQualScore                  :        .  .  .    ..  . ..  .  .  .. ......  .........  .  ..   .  ..............  .   .   .  .    .   ..  .   ... . .. . . .    .. .. . .      ..  .  . . .  . . .  ... ....    . . .    . ...     ..   .       .   .    .    .     
lowQualScore                  :        7  4  6    22  6 11  5  1  11 444444  777777777  6  22   6  44444444444444  6   6   6  7    7   00  7   444 7 44 7 7 7    33 00 8 8      99  0  0 0 0  0 0 0  555 2222    0 0 0    0 444     88   0       1   6    7    7     
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lowQualScore                  :        .  .  . .    ..  . ..  .  .  .. ......  .........  .  ..   . ...... ... . ...  .   .   .  . .   .   ..  .   ... . .. .  .    .. .. . .          .  . . .  . . .  ... ....    . . .    . ...     ..   .       .        .    .     
lowQualScore                  :        6  5  5 5    11  5 00  5  0  00 333333  000000000  5  11   5 444444 333 5 333  5   5   5  6 6   6   88  6   222 7 33 7  3    11 88 7 7          2  7 5 5  7 7 7  888 7777    8 8 5    5 555     55   5       0        5    5     
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gi|120650                     : GACCAAG-TT-CG-A-TTAT--CT-A--GC-AT-AG--T------A----------TG-TT--TAC-T------T---A-A---CT-TTC-GAA-AA-T-TCA-ATT--GC--TG---T-G--T-TT-GGTT--T--G-C-TTCTAAACTTGTT-A-A-TA-C-G-TG---T----G
gi|120651                     : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AG--T------AG--
gi|120652                     :  GCCTAG-T--CGTA-TCAT--CA-A--C--AT-AG--T------AT---------TG-TT--TAG-T------T---G-AG--CT-TCC-GAAGCC-A-TCA-ATT--GC-GCA---G-T--T-GT-GGCTA-T--G-C-TTC-GGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTT----G-TTACTT-A-AAGTT---AA-CATTACT-TAAA--TA-GGTA-
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gi|120655                     :   CCTAG-TT-CG-A-TCACTACA-T--CC-ATTAG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------T---A-A---CT--CC-GAA-TC-A-TTA-ATT--GT-GCA---TTG--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCCCGGCCT-TC-AAG-TG-G-C-CA---T----GTCT-GCG-TTAC-T-AGAAGTT--CAA-CATTTTG-TAAACTTA-GGTA-GCTGT
gi|120656                     :    CTAG-TCGCA-C-TCAT--CA-AAGCC-AT-AG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------TTA-G-A---CTATCC-GA--CC-A-TCATATG--GC-GCAATGT-G--T-GT-GGCT--T--G-A-T-CCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---TCATCGTCT-G-GCTTAC-T-A-AAGTT--CAA-CATTTTGAAAAACGTA-GGTA-GCTGT
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gi|120659                     :                           --CC-AT-AG--T------AGT-A------TG-TC--TAG-T------T---A-A---CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ATT--GC-GCA---T-G--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTTT-G-G--TACTT-A-AAGTT--CAA-CATTT---TAAACGTA-GGTA-GCTGT





Alignments
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lowQualScore                  :        .  .  . .    ..  . ..  .  .  .. ......  .........  .  ..   . ...... ... . ...  .   .   .  . .   .   ..  .   ... . .. .  .    .. .. . .          .  . . .  . . .  ... ....    . . .    . ...     ..   .       .        .    .     
lowQualScore                  :        6  5  5 5    11  5 00  5  0  00 333333  000000000  5  11   5 444444 333 5 333  5   5   5  6 6   6   88  6   222 7 33 7  3    11 88 7 7          2  7 5 5  7 7 7  888 7777    8 8 5    5 555     55   5       0        5    5     
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Reference ( family-689 )      : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------T---A-A---CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ATT--GC-GCA---T-G--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTCT-G-G-TTAC-T-A-AAGTT--CAA-CATTTTG-TAAACGTA-GGTA-GCTGT
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gi|120652                     :  GCCTAG-T--CGTA-TCAT--CA-A--C--AT-AG--T------AT---------TG-TT--TAG-T------T---G-AG--CT-TCC-GAAGCC-A-TCA-ATT--GC-GCA---G-T--T-GT-GGCTA-T--G-C-TTC-GGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTT----G-TTACTT-A-AAGTT---AA-CATTACT-TAAA--TA-GGTA-
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gi|120656                     :    CTAG-TCGCA-C-TCAT--CA-AAGCC-AT-AG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------TTA-G-A---CTATCC-GA--CC-A-TCATATG--GC-GCAATGT-G--T-GT-GGCT--T--G-A-T-CCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---TCATCGTCT-G-GCTTAC-T-A-AAGTT--CAA-CATTTTGAAAAACGTA-GGTA-GCTGT
gi|120657                     :        -TT-CA-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AGCCT------AG--C------TG-TC--TAG-T------T---G-A---CT--CC-GAA-AC-T-TTA---T--GC-GCA---T-G----GT-----------------CAGACCT-TC-ACGCTG-CTG-CA---T----GTCT-A-GCTTAC-T-A-AGGTT--CAA-GATTCTG-T
gi|120658                     :          T-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AT--T------AG--A------TG-TC--TAG-TTACATGT---A-A---CT-TCC-GAG-CC-A-TCA-ATT--AC-GCA---T-G--T-GT-G
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blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       TA         .  .    . .      T   . A    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          G  . . .  . . .  .   .       . . C    T A       .    C       .        .    .
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blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . A       .    .       .        .    .
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . A       .    .       .        .    .
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . A       .    .       .        .    .
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       T          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . A       .    .       .        .    .
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . A       .    .       .        .    .
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blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . A       .    .       .              
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . .       .    .       .              
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . .       .    .       .              
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       C          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . .       .    .                      
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       A          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .       . . .    . .       .    .                      
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       .          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .    .  .  . .          .  . . .  . . .  .   .                                                      
blockSeqs                     :        .  .  . .    .   . .   .  .  .  .       .          .  .    . .      .   . .    .   .   .  . .   .   .   .   .   . .  .  .                                                                                                   
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Alignments
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lowQualScore                  :        .  .  . .    ..  . ..  .  .  .. ......  .........  .  ..   . ...... ... . ...  .   .   .  . .   .   ..  .   ... . .. .  .    .. .. . .          .  . . .  . . .  ... ....    . . .    . ...     ..   .       .        .    .     
lowQualScore                  :        6  5  5 5    11  5 00  5  0  00 333333  000000000  5  11   5 444444 333 5 333  5   5   5  6 6   6   88  6   222 7 33 7  3    11 88 7 7          2  7 5 5  7 7 7  888 7777    8 8 5    5 555     55   5       0        5    5     
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Reference ( family-689 )      : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------T---A-A---CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ATT--GC-GCA---T-G--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTCT-G-G-TTAC-T-A-AAGTT--CAA-CATTTTG-TAAACGTA-GGTA-GCTGT
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gi|120641                     : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------T---G-A---CT-TCC-GAA-AC-A-TCA-ATT--GT-GCA---T-G--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCCGGACTT-TC-A-G-TA-C-G-CA---T----GTGT-G-G-TTAC-T-A-AAGTT--CAA-CATCCTG-TAAACAT
gi|120642                     : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AG--T------AC--T------TG-TT--AAG-T------T---G-A---CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ACT--GT-GCA---T-G--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCTGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTCT-G-G-TTAC-T-A-AAGTT--AAACCATTCTG-TAAACATT-GGTA-GCTGT
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gi|120645                     : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-TG--T------AAGAA------TG-TC--TAG-T------T---A-AA--CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ACT--GC-GCA---T-G--T-GTTGGCT--T--G-C-TTCCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----G-CT-G-G-TT-C-TAA-AAGTT--CAA-CATTTTG-
gi|120646                     : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CT-AT-AG--T------AA-------------C--TAG------------A-G---AT-----GAA-CC-A-TCA---T--GC-G
gi|120647                     : GGCCTAG-TT-CA-A-CCAT--CA-A--CC-AT-AG--A------TG--A------TG-TC--TAG--------T---A-ATTGCT-TCC-GAA-CC-T-TTA-ACT--GC-GCA---T-G--C-CT-GGTT--TTAT-C-CTTCGGACCTCTCGA-C-TG-C-G-CAG--T----GT-T-G-G-TTAC-T---AAGTT--CAACCATTCTG-TTAGCATATGGTT-GCTGT
gi|120648                     : GGCCTAGATT-CG-A-TCAT--CA-A--CCGAT-AG--T------AG--AATATCTCG-TCACTAG-T------TTAGACA---CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ATTGCGC-GCA---T-G--TGGT-GGCTCAT--GAA-TTCCGGACCT-TC-A-GTTG-C-G-CATAGT----GTCTGG-G-CTAC-T---CAGTT--CAA-CA
gi|120649                     : GACCAAG-TT-CG-A-TTAT--CT-A--GC-AT-AG--T----------A------TG-TT--TAC-T------T---A-A---CT-TTC-GAA----ATTCA-ATT--GT-G-G---T-GTTT-GT-GGTT--T--G-C-TTCTAAACTTGTT-A-A-TA-C-G-TG---T----GCAT-G-----AC-C---AAGTT--CGA-
gi|120650                     : GACCAAG-TT-CG-A-TTAT--CT-A--GC-AT-AG--T------A----------TG-TT--TAC-T------T---A-A---CT-TTC-GAA-AA-T-TCA-ATT--GC--TG---T-G--T-TT-GGTT--T--G-C-TTCTAAACTTGTT-A-A-TA-C-G-TG---T----G
gi|120651                     : GGCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AG--T------AG--
gi|120652                     :  GCCTAG-T--CGTA-TCAT--CA-A--C--AT-AG--T------AT---------TG-TT--TAG-T------T---G-AG--CT-TCC-GAAGCC-A-TCA-ATT--GC-GCA---G-T--T-GT-GGCTA-T--G-C-TTC-GGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTT----G-TTACTT-A-AAGTT---AA-CATTACT-TAAA--TA-GGTA-
gi|120653                     :  GCCTAG-TT-CG-A-TCAT--CA-A--CC-ATAAG--TAAACTAAG--A------TG-AC--AAGTT------T---A-G---CT-TTC-GAA-
gi|120654                     :   CCTAC-TT-CG-AATCAT--CA-A--CC-AT-AG--T------AG--A------TGATC--TAG-T------TT--A-A---CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ATTT-GC-GCA---T-G--T-GT-GGCT--T--T-G-TTCCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----G-CT-G-G-TTAC-T-A-AAGTTTCCAA-CATTTTG-TAAACGTA--TTA-GCTG
gi|120655                     :   CCTAG-TT-CG-A-TCACTACA-T--CC-ATTAG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------T---A-A---CT--CC-GAA-TC-A-TTA-ATT--GT-GCA---TTG--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCCCGGCCT-TC-AAG-TG-G-C-CA---T----GTCT-GCG-TTAC-T-AGAAGTT--CAA-CATTTTG-TAAACTTA-GGTA-GCTGT
gi|120656                     :    CTAG-TCGCA-C-TCAT--CA-AAGCC-AT-AG--T------AG--A------TG-TC--TAG-T------TTA-G-A---CTATCC-GA--CC-A-TCATATG--GC-GCAATGT-G--T-GT-GGCT--T--G-A-T-CCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---TCATCGTCT-G-GCTTAC-T-A-AAGTT--CAA-CATTTTGAAAAACGTA-GGTA-GCTGT
gi|120657                     :        -TT-CA-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AGCCT------AG--C------TG-TC--TAG-T------T---G-A---CT--CC-GAA-AC-T-TTA---T--GC-GCA---T-G----GT-----------------CAGACCT-TC-ACGCTG-CTG-CA---T----GTCT-A-GCTTAC-T-A-AGGTT--CAA-GATTCTG-T
gi|120658                     :          T-CG-A-TCAT--CA-A--CC-AT-AT--T------AG--A------TG-TC--TAG-TTACATGT---A-A---CT-TCC-GAG-CC-A-TCA-ATT--AC-GCA---T-G--T-GT-G
gi|120659                     :                           --CC-AT-AG--T------AGT-A------TG-TC--TAG-T------T---A-A---CT-TCC-GAA-CC-A-TCA-ATT--GC-GCA---T-G--T-GT-GGCT--T--G-C-TTCCGGACCT-TC-A-G-TG-C-G-CA---T----GTTT-G-G--TACTT-A-AAGTT--CAA-CATTT---TAAACGTA-GGTA-GCTGT