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lowQualScore                  :      ..  .       .. ..  .    . . ..  .  . . ..   ..  .  .    .......     . .   ....  .. . .  .   .   .....    ......     ........    . .  .  ...........  .  ..     .        
lowQualScore                  :      55  5       00 55  5    5 5 55  5  5 5 00   33  5  5    6666666     4 5   8888  55 5 5  5   5   66666    000000     66666666    4 4  4  77777777777  1  55     3        
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Reference ( gi|95291 )        : TTACCT-GC-AAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTTG-GG-CC-GATA----AT-GTATT-G-CGT----TG-AG-T-GA-CGA-CAC-A-T-TTGA------ATGTG--------ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
gi|95289                      : TTACC--GC-AAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--TATG-GG-CC-GATA----TA-GTATT-G-CGT----TG-AG-T-GA-CGA-CAC-A-T-TTGA------ATGCG--------ACAA-T-CG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
gi|95293                      : TTACC--GC-AAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-A--CTTG-GG-AC-GATG----TA-GTATT-G-CAT----TG-AG-T-GA-CGA-CAC-A-T-TTGA------ATGCG--------ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
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lowQualScore                  :     . . ..        .. ..  .    . . ..  .  . . ..   ..  .  .  . .  ...  ..    . .   ....  ..  . . .   .   ...  .       .    . .  .  ...........  .  ..     .        
lowQualScore                  :     6 4 44        00 44  4    4 4 44  4  4 4 00   33  4  4  4 4  555  99    9 9   5555  22  5 5 5   0   444  7       7    9 9  9  66666666666  1  55     1        
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Reference ( family-657 )      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-NGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-GGT-G-A-CGA-CAC-NNTT-GAATGCG-ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
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Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                   11111111111                     
lowQualScore                  :     1 1 33        22 33  1    1 1 33  1  1 1 22   44  1  1  1 1  222  33    2 2   4444  44  1 1 1   3   777  1       5    2 2  2  11111111111  3  88     3        
lowQualScore                  :     . . ..        .. ..  .    . . ..  .  . . ..   ..  .  .  . .  ...  ..    . .   ....  ..  . . .   .   ...  .       .    . .  .  ...........  .  ..     .        
lowQualScore                  :     6 4 44        00 44  4    4 4 44  4  4 4 00   33  4  4  4 4  555  99    9 9   5555  22  5 5 5   0   555  7       7    9 9  9  66666666666  1  55     1        
consensus                     : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-NGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-GGT-G-A-CGA-CAC-NGTT-GAATGCG-ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
Reference ( family-657 )      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-NGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-GGT-G-A-CGA-CAC-NGTT-GAATGCG-ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
gi|95289                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--TAT-GGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-AGT-G-A-CGA-CAC-ATTT-GAATGCG-ACAA-T-CG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
gi|95290                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--TC-TGAA-T-T--AG-AA-T-G--CTT-GGG-CC-GA-T-AC---AG--TATT-G-CGT----TG-GGT-G-A-TGA-CAC-TGTT-GAAT
gi|95291                      : TTAC-CTG--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-GGG-CC-GA-T-AA---TG--TATT-G-CGT----TG-AGT-G-A-CGA-CAC-ATTT-GAATGTG-ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAActg
gi|95292                      : TTAC-C-GG-CAAATCAC--C--C--TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CCT-GGA-CC-AA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----T--GGT-G-A-TGA-CAC-TGTT-GAAT
gi|95293                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-A--CTT-GGG-AC-GA-T-GT---AG--TATT-G-CAT----TG-AGT-G-A-CGA-CAC-ATTT-GAATGCG-ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TAATG-TCATACAA
gi|95294                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--TC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-GGG-CT-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-GGT-G-A-TGA-CAC-TGTT-GAAT
gi|95295                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-CCG--CTC-GGG-CCAGA-T-AT---AG--TATTTG-CGT----TG-AGT-G-A-CGA-CAC-ATTT-GAATGCG-ACAA-T-TG-AA------TT---TGTTT--TAATGTTCATACAActgtttgtattacaattg
gi|95296                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-TT-AG-AA-C-G--CTT-TGG-CC-GA-T-AA---AG--TATTGG-CGT----TG-GGT-G-A-TGA-CAC-TGTT-GAAT
gi|95297                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-GGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-ATT-G-A-TGA-CAC-AATC-GAATGCG-ACAA-T-TG-AATTCGGTTT---TG-TTTATAATG-TCATACAA
gi|95298                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-TTAGG-AA-C-G--CTT-TGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-AGT-G-A-CGA-CACATTTT-GAATGTG-ACCA-A-TG-AAT-----TT---TG-TT--TAATG-TCATAC
gi|95299                      : TTAC-C-GAGCAA-TCAC--CGGCC-TGAACT-T--AG-AA-C-G--CCT-GGA-CC-GA-T-ATGGGAG--TATT-GGCGT----TG-GGT-G-A-TGA-CAC-TGTT-GAAT
gi|95300                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CCT-GGGACC-GA-T-AG---TG--TATT-G-CGT----GA-GGT-GAA-TGACCAC-TGTTAGAAT
gi|95301                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C-----------------------G--CTT-TGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-TGT----TG-CGT-G-A-CGA-CAC-AATT-GAATGCG-ACAA-T-TG-AA------TT---TG-TT--TGATG-TGAAACAA
gi|95302                      : TTAC-C-G--CAAATTAC--C--CT-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-TGG-CC-AG-T-AT---AG--TATT-G-CATTCAATG-GTT-G-A-TGG-CAC-TGTG-GAAT
gi|95303                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-CGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-GGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-GGT-G-A-TGA-TAC-TGTT-GAATctgtttga
gi|95304                      : TTTC-C-G--CAAATCAT--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--CTT-CGA-CT-GA-T-AA---TG--TATT-G-CGT----TG-AGT-G-A-CGA-CAC-TATT-GAATGCC-ACAA-T-TG-AA------T-------AT--TAGTA-TCACGCAActgtttgtattacaattg
gi|95305                      : TTACGC-G---AAATCAC--CG-CC-T-AA-T-T--AG-AA-C-G--CTTGTGA-CC-GA-T-AA---AG--TTAT-G-CGT----GA-GGTGG-A-CGA-CAC-ATTT-GAATGTGTACAAGT-TG-AA------TT---TG--T--TAA---TCATACAA
gi|95306                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-C-G--C---CGG-AC-GA-T-AT---TG--T-TT-G--G-----TG-TGT-G-A-TGA-CAC-TGTT-GA
gi|95307                      : TTAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA-A-A--CTT-TGG-CT-GA-T-AT---AG--TAAT-G-CAT----TG-CAT-G-A-CGA-
gi|95308                      : TTAT-T-G--TAATTCAC--C--TG-TGAA-T-C--AG-AA-T-G--CTT-TAC-GC-AA-T-AC---AGGCT-TT-G-CGT----TA-TAT-G-A-CGA-CAC-AATT-GAATGCG-ACTA-T-TG-AA------TCAGGTG-TT--TGATG-TAATACAA
gi|95309                      : TTAC-C-G--CAAATTAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AA--------------------T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-GGT-G-A-TGA-CAC-
gi|95310                      : TTTC-T-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--GG-AA-C-A--CTC-TGG-CC-GA-T-AT---AG--TACT-G-CGT----Ta
gi|95311                      : TTAC-C-G--CAA-TCAC--C--CCCTGAA-T-T--AGAAA-C-G--CTT--GG-CC-GATT-AT---AG--TATT-GCCGT----GG-TGT-G-ATCGA-TACTTGTT-GA
gi|95312                      : TTAC-A-G--CCGTTCAC--C--TG-TAAA-T-C--AG-AA-C-G--CTC-TGC-CC-AA-T-AC---CG--CATT-G-CAT----CA-TAT-G-A-CAA-CAC----T-GAATGGG-ACAA-T-TGAAA------CA---CG-TT--TGATG-TAATACAAtccgttgtattacaattg
gi|95313                      :  TAC-C-G--CAAATCAC--C--CC-TGAA-T-T--AG-AG-C-A--CTG-TTG-CT-TA-T-AT---AG--TATT-G-CGT----TG-AGT-G-A-TGA-CAC-AGTT-GAATCTG----T-T-TG-AA------TT---
gi|95314                      :       -G--CAAATCA---C--CC-TGAA-T-T--AG-AAGC-G--CTT-TGG-CC-GA-TAAC---AG--TATT-G-CGTG---TGAGAT-G-A-CGACCAC-ATTT-GAATGTGAACAA-TATG-AA------TT---TG-TTTGTAATG-TCATACAA
gi|95315                      :       -G--TAATTCAC--C--TG-TGAA-T-C--AG-AA-T-G--CTT-TAC-GC-AA-T-AC---AGGCT-TT-G-CGT----TA-TAT-G-A-CGA-CAC-AATT-GAATGCG-AC-A-T-TG-AA------TCAGGTG-TT--TGATG-TAATACAA
gi|95316                      :       -G--CAAATCACGAC--CA-TGAA-CCT--AG-AA-G-GGGCTT-GGG-CC-GA-T-AT---AG--TATT-G-CTT----TGTGGT-G-G-TGA-


blockSeqs                     :     G T AG        GA GG  C    C C TA  A  G C GG   GT  A  A  T A  GGG  GC    T G   TCAA  AG  G A T   C   ATT  A       T    G A  A  TTCGGTTT     T  TA     T
blockSeqs                     :     . . G         .  G   .    . . T   .  . . .    G   .  .  . .  .    GC    G C   G     TG  . . .   C   TTG  .       A    . .  .  TCAGG        .  TG     .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TG   .       .    . .  .  TCAGG        .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     A   . . .   .   AT   .       .    . .  .  TTT          .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TG   .       .    . .  .  TT           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     A   . . .   .   AT   .       .    . .  .  TT           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TG   .       .    . .  .  TT           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     A   . . .   .   AT   .       .    . .  .  TT           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TG   .       .    . .  .  TT           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     A   . . .   .   AA   .       .    . .  .  CA           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     A   . . .   .   TG   .       .    . .  .  TT           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TG   .       .    . .  .  TT           .  .      .
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   AA   .       .    . .  .  T                       
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     C   . . .   .   TG   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TG   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    C   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TA   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    C   .  .  . .  .    .     . .   .     A   . . .   .   AT   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   TG   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     T   . . .   .   AA   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     C   . . .   .   AG   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     T   . . .   .   AT   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     G   . . .   .   AA   .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     T   . . .   .   .    .                                            
blockSeqs                     :     . . .         .  .   .    . . .   .  . . .    T   .  .  . .  .    .     . .   .     T   . . .   .                                                     
blockSeqs                     :       . .         .  .   .    . . .   .  . . .    G   .  .  . .  .    .     . .   .     A   . . .   .                                                     
blockSeqs                     :       . .         .  .   .    . . .   .  . . .    .   .  .  . .  .    .     . .   .     T   . . .   .                                                     
blockSeqs                     :       . .         .  .   .    . . .   .  . . .    .   .  .  . .  .    .     . .   .                                                                       


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