lowQualScore                  :                                     333333333333                                        111111                                           
lowQualScore                  :         1 3    1 1  1   1    33  1  000000000000  22   22  2      6  222 222   1 444 22 111111  3333  4444 66   888888 1 6666     1      
lowQualScore                  :         . .    . .  .   .    ..  .  ............  ..   ..  .      .  ... ...   . ... .. ......  ....  .... ..   ...... . ....     .      
lowQualScore                  :         5 0    5 5  5   4    44  4  666666666666  00   00  9      7  666 666   5 111 00 333333  1111  6666 66   333333 5 7777     5      
consensus                     : ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT--A-T-C-A-G-CA--AGA--TG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C--G-----GAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT
Reference ( gi|76115 )        : ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-TTA-AT--A-T-C-A-A-CA--AGA--TG-GCCAGCGCA---A---TCA-C---C--G-----AAT----TT----A-GATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76120                      : ATTGCTAA-T-AACA-A-AA-TAA-TAAT-TTG-AT--A---C-A-A-CA--AGA--TG-GCCAGCACA---A---TCA-T---C--A-----AAT----TT----G-AATA------T-A----AACCA-TCTGGT
gi|76113                      : ATTACTAA-T-CACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-T-A-G-CA--AGA--TG-GTCAACACA---A---TCA-C---C--A-----AAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGG
gi|76121                      : ATTGCTAA-T-AACA-A-AA-TAA-TAAT-T-G-AT--A---C-A-A-CA--AGA--TG-GCCAGCACA---A---TCA-T---C--A-----AAT----TT----G-AATA------T-A----AACCA-TCTGGT
gi|76112                      : ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-T-A-G-CA--AGA--TG-ACCAACAAA---A---TCT-C---C--G-----GAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76114                      : ATTACTAA-T-AATA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-A-A-G-CA--AGA--TG-GCCAACACA---A---TCA-C---C--GGATTTGAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76125                      : ATTGCTTA-T-AACA-A-AT-TCA-TAAT-TCA-AT--A---C-A-A-CA--AGA--TG-GCCAGCACA---T---TCA-T---C--G-----GAT----TT----A-AATA------C-A----ATACA-TCTGGT
gi|76124                      : ATTGCTAC-T-AACA-A-AT-TGA-TAAT-ATA-AT--A---C-A-A-CA--AGA--AG-GTCAGCACA---A---TCA-C---T--G-----GAT----TT----A-AATA------C-A----AAACA-GCTGGT
gi|76116                      : ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-TCA-AT----T-T-A-G-CA--AAA--TG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C--G-----GAT----TT----A-AATA------T-A----AAAC
gi|76127                      : ATTGCTAA-A-AACA-A-AT-CAA-TAAT-TTG-AT--A---C-A-G-CA--AGA--TA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T--G-----GAT----TTTTAAA-AATATT----T-A----AAACA-GCTGGT
gi|76117                      : ATCGCTAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CT--------T-T-A-GGCA--AGA--TG-GCCAACAAA---A---TCA-C---T--G-----GAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTG
gi|76130                      : ATCGCTAA-T-AACA-A-TTATAA-TAAA-TTA-AT--ACT-C-T-T-CA--GGA--TG-ACCAGCACA---A---TCA-A---T--G-----GAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76122                      : ATTACTAA-T-AACATA-GT-TAA-TTAT-CTA-AT--A-------G-CA--AGA--TG-GCCAACACA---A---TCA-T---C--G-----AAC----TTA---A-AATA------T-AC---AAACA-TCTGGT
gi|76118                      : ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-T-A-G-CA--AGA--TG-G-CAACAAA---A---TCA-C---C--G-----GATTTAATT----A-AATA------T-A----AAACA-
gi|76123                      : ATTACTAA-T-AACA-A-AT-GAT-TAAC-T---A---A-T-T-A-G-CA--A-A--TG-GCCAACACA---A---TCA-CA--C--A-----GAT----TT----G-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76119                      : ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-T-A-G-CA--AGA--TG-GCCAACA-----------------C--G-----GAT----TT----A-AATATGCATGT-A----AATCA-TCTGGT
gi|76128                      : ATTACTAA-TTAACA-A-AC-TAT-CAAT-CTA-ATTGA-T-TTA-G-CA--AGA--TG-GCCAA-ACA---AAAATCA-C---G--G-----GAT----TT----AAGATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76132                      : ATTGTTCA-T-AACA-ACAT-TAA-CA--------T--G-TGT-A-A-CA--AGA--TG-GCCAGCATA---T---TCA-C---C--G-----GAT----TT------GAAA------T-T----AAATA-TCTGGT
gi|76131                      : ATTGCTAA-C-AACA-A-AT-TAA-TAA--------------------------A--TA-GCCAGCAAA---A---TCA-C---T--G-----GAT----TT----A-AATA------T-ATTTAAAACA-TATGGT
gi|76133                      : ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAATGTTAGAT--G---C-A-A-TAGCAGAGTTGCGCCGAGACA---A---ACATC---T--G-----GAT----TT----A-AATG------TGA----AAACATTCTGGT
gi|76129                      : ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-T-A-G-CA--AGA--TG-
gi|76134                      :  TTGCTAA-TTAACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT--T-T-T-G-G--A--AAA--TGAACCAAC-CAAATA---TCA-C---CAAG-----ATT----TT----A-AAAA------T-T----AAACA-TCGGGT
gi|76135                      :   TACTAA-T-A-TA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-A-A-G-CA--AGA--TG-GCCAACACA---A---TCA-C---C--GGATT-GAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76136                      :   TACTAC-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-C-T-A-CA--AGA--TG-G-CAACAAA---A---TCA-CACTC--G------AT----TT----A-AATA------T-ATT--AAACA-TCTGGT
gi|76137                      :     CTAA-T-CACA-A-AT-TAATTAAT-TTG-AT--A-----A----A--AGA--TG-GCT-GCACA---A---TAG-C---T--G-----GAT----TG----A-AATA------T------AAACA-TCTG
gi|76138                      :      TAA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-CTA-AT----T-T-A-G-CA--AGA--TG-GCTAACGCA---A---TCA-C---C--G-----GAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT
gi|76139                      :      TAACT-AACA-A-AT-TAA-TAA------AT--A-T-G-ACA-CA--AGC--CA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T--G-----GAT----------------------T-A----AATCA-TCTGGT
gi|76126                      :       AA-T-AACA-A-AT-TAA-TAAT-TTG-AT--A---C-A-A-CA--AGG--TA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T--G-----GAT----TT----A-AATATT----T-T----AAACA-TCTGGT
gi|76140                      :                     atta-TAAT-CTA-AT--A---C-A-A-CA--GGA--TG-GTCAGCACA---A---TCA-C---C--G-----GAT----TT----A-AATA------T-A----AAACA-TCTGGT





Alignments
lowQualScore                  :                                               333333333                                                               111111                 
lowQualScore                  :             1 2    1 1  1    1 1  0 4444444   000000000 11       2         222 222   1 333 1 66666  1 3333  4444  1   111111 1 33     1      
lowQualScore                  :             . .    . .  .    . .  . .......   ......... ..       .         ... ...   . ... . .....  . ....  ....  .   ...... . ..     .      
lowQualScore                  :             4 9    4 4  4    4 4  4 5555555   333333333 88       8         555 555   4 999 4 66666  4 0000  5555  4   111111 4 44     5      
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Reference ( family-654 )      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT--A-T--C-AG-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76112                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-ACCAACAAA---A---TCT-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76113                      :     ATTACTAA-T-CACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GTCAACACA---A---TCA-C---C-A-----AA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGG
gi|76114                      :     ATTACTAA-T-AATA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--A-AG-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-C---C-GGATTTGA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
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gi|76116                      :     ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTC-------AAT----T--T-AG-CAAAATG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAAC
gi|76117                      :     ATCGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT--------------T--T-AGGCAAGATG-GCCAACAAA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTG
gi|76118                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-G-CAACAAA---A---TCA-C---C-G-----GA-TTTAATT----AA-ATA------T-A--AAACA-
gi|76119                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GCCAACA-----------------C-G-----GA-T----TT----AA-ATATGCATGT-A--AATCA-TCTGGT
gi|76120                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AA-TAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-T---C-A-----AA-T----TT----GA-ATA------T-A--AACCA-TCTGGT
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gi|76124                      :     ATTGCTAC-T-AACA-A-AT-TGAT-A-ATAT-------AAT--A----C-AA-CAAGAAG-GTCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------C-A--AAACA-GCTGGT
gi|76125                      :     ATTGCTTA-T-AACA-A-AT-TCAT-A-ATTC-------AAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---T---TCA-T---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------C-A--ATACA-TCTGGT
gi|76126                      :           AA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AA-CAAGGTA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATATT----T-T--AAACA-TCTGGT
gi|76127                      : attaATTGCTAA-A-AACA-A-AT-CAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AG-CAAGATA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TTTTAAAA-ATATT----T-A--AAACA-GCTGGT
gi|76128                      :     ATTACTAA-TTAACA-A-AC-TATC-A-ATCT-------AATTGA-T--TTAG-CAAGATG-GCCAA-ACA---AAAATCA-C---G-G-----GA-T----TT----AAGATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76129                      :     ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-
gi|76130                      :     ATCGCTAA-T-AACA-A-TTATAAT-A-AATT-------AAT--ACT--C-TT-CAGGATG-ACCAGCACA---A---TCA-A---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76131                      :     ATTGCTAA-C-AACA-A-AT-TAAT-A-A-----------------------------ATA-GCCAGCAAA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATATATT--T-A--AAACA-TATGGT
gi|76132                      :     ATTGTTCA-T-AACA-ACAT-TAAC-ATGTGT-------AA-------------CAAGATG-GCCAGCATA---T---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----GA-A-A------T-T--AAATA-TCTGGT
gi|76133                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATGTTAGATGCAAT--A-G--C-AG---AGTTGCGCCGAGACA---A---ACATC---T-G-----GA-T----TT----AA-ATG------TGA--AAACATTCTGGT
gi|76134                      :      TTGCTAA-TTAACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT--T-T--T-GG--AAAATGAACCAAC-CAAATA---TCA-C---CAA-----GATT----TT----AA-AAA------T-T--AAACA-TCGGGT
gi|76135                      :       TACTAA-T-A-TA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--A-AG-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-C---C-GGATT-GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76136                      :       TACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--C-TA-CAAGATG-G-CAACAAA---A---TCA-CACTC-------GA-T----TT----AA-ATA------T-ATTAAACA-TCTGGT
gi|76137                      :         CTAA-T-CACA-A-AT-TAATTA-ATTT-------GAT--A------A---AAGATG-GCT-GCACA---A---TAG-C---T-G-----GA-T----TG----AA-ATA------T----AAACA-TCTG
gi|76138                      :          TAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GCTAACGCA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76139                      :          TAACT-AACA-A-AT-TAAT-A-A-----------AT--A-TGAC-A--CAAGCCA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA------TT----AA-AT---------------CA-TCTGGT
gi|76140                      :                             T-A-ATCT-------AAT--A----C-AA-CAGGATG-GTCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT





Alignments
lowQualScore                  :                                               333333333                                                               111111                 
lowQualScore                  :             1 2    1 1  1    1 1  0 4444444   000000000 11       2         222 222   1 333 1 66666  1 3333  4444  1   111111 1 33     1      
lowQualScore                  :             . .    . .  .    . .  . .......   ......... ..       .         ... ...   . ... . .....  . ....  ....  .   ...... . ..     .      
lowQualScore                  :             4 9    4 4  4    4 4  4 5555555   333333333 88       8         555 555   4 999 4 66666  4 0000  5555  4   111111 4 44     5      
consensus                     :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT--A-T--C-AG-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
Reference ( family-654 )      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT--A-T--C-AG-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76112                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-ACCAACAAA---A---TCT-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76113                      :     ATTACTAA-T-CACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GTCAACACA---A---TCA-C---C-A-----AA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGG
gi|76114                      :     ATTACTAA-T-AATA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--A-AG-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-C---C-GGATTTGA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76115                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTT-------AAT--A-T--C-AA-CAAGATG-GCCAGCGCA---A---TCA-C---C-G-----AA-T----TT----AG-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76116                      :     ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTC-------AAT----T--T-AG-CAAAATG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAAC
gi|76117                      :     ATCGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT--------------T--T-AGGCAAGATG-GCCAACAAA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTG
gi|76118                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-G-CAACAAA---A---TCA-C---C-G-----GA-TTTAATT----AA-ATA------T-A--AAACA-
gi|76119                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GCCAACA-----------------C-G-----GA-T----TT----AA-ATATGCATGT-A--AATCA-TCTGGT
gi|76120                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AA-TAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-T---C-A-----AA-T----TT----GA-ATA------T-A--AACCA-TCTGGT
gi|76121                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AA-TAAT-A-AT-T-------GAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-T---C-A-----AA-T----TT----GA-ATA------T-A--AACCA-TCTGGT
gi|76122                      :     ATTACTAA-T-AACATA-GT-TAAT-T-ATCT-------AAT--A-------G-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-T---C-G-----AA-C----TTA---AA-ATA------T-AC-AAACA-TCTGGT
gi|76123                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-GATT-A-A-CT-------AAT-------T-AG-CAA-ATG-GCCAACACA---A---TCA-CA--C-A-----GA-T----TT----GA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76124                      :     ATTGCTAC-T-AACA-A-AT-TGAT-A-ATAT-------AAT--A----C-AA-CAAGAAG-GTCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------C-A--AAACA-GCTGGT
gi|76125                      :     ATTGCTTA-T-AACA-A-AT-TCAT-A-ATTC-------AAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---T---TCA-T---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------C-A--ATACA-TCTGGT
gi|76126                      :           AA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AA-CAAGGTA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATATT----T-T--AAACA-TCTGGT
gi|76127                      : attaATTGCTAA-A-AACA-A-AT-CAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AG-CAAGATA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TTTTAAAA-ATATT----T-A--AAACA-GCTGGT
gi|76128                      :     ATTACTAA-TTAACA-A-AC-TATC-A-ATCT-------AATTGA-T--TTAG-CAAGATG-GCCAA-ACA---AAAATCA-C---G-G-----GA-T----TT----AAGATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76129                      :     ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-
gi|76130                      :     ATCGCTAA-T-AACA-A-TTATAAT-A-AATT-------AAT--ACT--C-TT-CAGGATG-ACCAGCACA---A---TCA-A---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76131                      :     ATTGCTAA-C-AACA-A-AT-TAAT-A-A-----------------------------ATA-GCCAGCAAA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATATATT--T-A--AAACA-TATGGT
gi|76132                      :     ATTGTTCA-T-AACA-ACAT-TAAC-ATGTGT-------AA-------------CAAGATG-GCCAGCATA---T---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----GA-A-A------T-T--AAATA-TCTGGT
gi|76133                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATGTTAGATGCAAT--A-G--C-AG---AGTTGCGCCGAGACA---A---ACATC---T-G-----GA-T----TT----AA-ATG------TGA--AAACATTCTGGT
gi|76134                      :      TTGCTAA-TTAACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT--T-T--T-GG--AAAATGAACCAAC-CAAATA---TCA-C---CAA-----GATT----TT----AA-AAA------T-T--AAACA-TCGGGT
gi|76135                      :       TACTAA-T-A-TA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--A-AG-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-C---C-GGATT-GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76136                      :       TACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--C-TA-CAAGATG-G-CAACAAA---A---TCA-CACTC-------GA-T----TT----AA-ATA------T-ATTAAACA-TCTGGT
gi|76137                      :         CTAA-T-CACA-A-AT-TAATTA-ATTT-------GAT--A------A---AAGATG-GCT-GCACA---A---TAG-C---T-G-----GA-T----TG----AA-ATA------T----AAACA-TCTG
gi|76138                      :          TAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GCTAACGCA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76139                      :          TAACT-AACA-A-AT-TAAT-A-A-----------AT--A-TGAC-A--CAAGCCA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA------TT----AA-AT---------------CA-TCTGGT
gi|76140                      :                             T-A-ATCT-------AAT--A----C-AA-CAGGATG-GTCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT


blockSeqs                     :             C T    T C  A    T T    TAGATGC   TGATTT    GG       C         AAT AAA   T ACT A GATTT  T TTAA  TTAA  G   TGCATG G TT     T
blockSeqs                     :             . T    . .  .    . .    .         ATGAC     G        A         .   .     . A   . GATT   . .     A     .   TATT   . C      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         ACTC      G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   TT     . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         ATC       A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   TT     . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AGC       G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TTT       G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TT        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TA        A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TT        A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TT        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TT        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TT        A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AC        A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AC        A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AC        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AC        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AC        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AC        T        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TT        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TA        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TC        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         TT        A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         AC        G        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         A         A        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         T         .        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         A         .        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .      .
blockSeqs                     :             . .    . .  .    . .    .         .         .        .         .   .     . .   . .      . .     .     .   .      . .       
blockSeqs                     :                              . .    .         .         .        .                                                                     


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lowQualScore                  :             4 9    4 4  4    4 4  4 5555555   333333333 88       8         555 555   4 999 4 66666  4 0000  5555  4   111111 4 44     5      
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Reference ( family-654 )      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT--A-T--C-AG-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76112                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-ACCAACAAA---A---TCT-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76113                      :     ATTACTAA-T-CACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GTCAACACA---A---TCA-C---C-A-----AA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGG
gi|76114                      :     ATTACTAA-T-AATA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--A-AG-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-C---C-GGATTTGA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76115                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTT-------AAT--A-T--C-AA-CAAGATG-GCCAGCGCA---A---TCA-C---C-G-----AA-T----TT----AG-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76116                      :     ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTC-------AAT----T--T-AG-CAAAATG-GCCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAAC
gi|76117                      :     ATCGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT--------------T--T-AGGCAAGATG-GCCAACAAA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTG
gi|76118                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-G-CAACAAA---A---TCA-C---C-G-----GA-TTTAATT----AA-ATA------T-A--AAACA-
gi|76119                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GCCAACA-----------------C-G-----GA-T----TT----AA-ATATGCATGT-A--AATCA-TCTGGT
gi|76120                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AA-TAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-T---C-A-----AA-T----TT----GA-ATA------T-A--AACCA-TCTGGT
gi|76121                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AA-TAAT-A-AT-T-------GAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---A---TCA-T---C-A-----AA-T----TT----GA-ATA------T-A--AACCA-TCTGGT
gi|76122                      :     ATTACTAA-T-AACATA-GT-TAAT-T-ATCT-------AAT--A-------G-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-T---C-G-----AA-C----TTA---AA-ATA------T-AC-AAACA-TCTGGT
gi|76123                      :     ATTACTAA-T-AACA-A-AT-GATT-A-A-CT-------AAT-------T-AG-CAA-ATG-GCCAACACA---A---TCA-CA--C-A-----GA-T----TT----GA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76124                      :     ATTGCTAC-T-AACA-A-AT-TGAT-A-ATAT-------AAT--A----C-AA-CAAGAAG-GTCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------C-A--AAACA-GCTGGT
gi|76125                      :     ATTGCTTA-T-AACA-A-AT-TCAT-A-ATTC-------AAT--A----C-AA-CAAGATG-GCCAGCACA---T---TCA-T---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------C-A--ATACA-TCTGGT
gi|76126                      :           AA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AA-CAAGGTA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATATT----T-T--AAACA-TCTGGT
gi|76127                      : attaATTGCTAA-A-AACA-A-AT-CAAT-A-ATTT-------GAT--A----C-AG-CAAGATA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TTTTAAAA-ATATT----T-A--AAACA-GCTGGT
gi|76128                      :     ATTACTAA-TTAACA-A-AC-TATC-A-ATCT-------AATTGA-T--TTAG-CAAGATG-GCCAA-ACA---AAAATCA-C---G-G-----GA-T----TT----AAGATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76129                      :     ATTACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-
gi|76130                      :     ATCGCTAA-T-AACA-A-TTATAAT-A-AATT-------AAT--ACT--C-TT-CAGGATG-ACCAGCACA---A---TCA-A---T-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76131                      :     ATTGCTAA-C-AACA-A-AT-TAAT-A-A-----------------------------ATA-GCCAGCAAA---A---TCA-C---T-G-----GA-T----TT----AA-ATATATT--T-A--AAACA-TATGGT
gi|76132                      :     ATTGTTCA-T-AACA-ACAT-TAAC-ATGTGT-------AA-------------CAAGATG-GCCAGCATA---T---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----GA-A-A------T-T--AAATA-TCTGGT
gi|76133                      :     ATTGCTAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATGTTAGATGCAAT--A-G--C-AG---AGTTGCGCCGAGACA---A---ACATC---T-G-----GA-T----TT----AA-ATG------TGA--AAACATTCTGGT
gi|76134                      :      TTGCTAA-TTAACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT--T-T--T-GG--AAAATGAACCAAC-CAAATA---TCA-C---CAA-----GATT----TT----AA-AAA------T-T--AAACA-TCGGGT
gi|76135                      :       TACTAA-T-A-TA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--A-AG-CAAGATG-GCCAACACA---A---TCA-C---C-GGATT-GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76136                      :       TACTAC-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--C-TA-CAAGATG-G-CAACAAA---A---TCA-CACTC-------GA-T----TT----AA-ATA------T-ATTAAACA-TCTGGT
gi|76137                      :         CTAA-T-CACA-A-AT-TAATTA-ATTT-------GAT--A------A---AAGATG-GCT-GCACA---A---TAG-C---T-G-----GA-T----TG----AA-ATA------T----AAACA-TCTG
gi|76138                      :          TAA-T-AACA-A-AT-TAAT-A-ATCT-------AAT----T--T-AG-CAAGATG-GCTAACGCA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT
gi|76139                      :          TAACT-AACA-A-AT-TAAT-A-A-----------AT--A-TGAC-A--CAAGCCA-GCCAGCACA---A---TCA-C---T-G-----GA------TT----AA-AT---------------CA-TCTGGT
gi|76140                      :                             T-A-ATCT-------AAT--A----C-AA-CAGGATG-GTCAGCACA---A---TCA-C---C-G-----GA-T----TT----AA-ATA------T-A--AAACA-TCTGGT