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Reference ( gi|110991 )       :    TTCTTCAA-A---A-T-C----AGTA--G---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--AGCT-TTTACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACTA--G---A---T---A-CA---TGTAAG-TAC--G--TA--CGACTT-AA--T----AG-A--TG-AAC-GAG--TAC-T--A--TCA--C-GAG--TT--TC-----A--A-AAAT----TAAAAA
gi|110975                     :    TTCTTCAA-A---A-T-C----AGTA--G---TA--TAA-AATTAATT-CT-TTT-TGTT-G--C--AGCT-TTGACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACTA--G---A---T---A-CA---TGTAAG-TAC--G--TA--CGACTT-AA--T----AG-A--TG-AAC-GAGTATAC-T--AATTCA--C-GAG--TT--CC-----A--ATAAAT----AAAAAA
gi|110976                     :  atTTCTTCAA-A---A-T-C----AGTAA-G---TA--TAC-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--AGCT-TTTACC----------T-AA-T--AT-T--GAT--A---GA----A---AACTA--G---A---T---A--A---TGTAAG-TAC--G--T---CGACTT-AA--T----AG-A--TG-AAC-GAG--TAC-T--AG-TTA--C--AG--TT--TC-----A--ATAATT----TAAAAA
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gi|110982                     :  atTTTTTCAA-A---A-T-C----AGTA--G---TA--TAA-A-----TT-CG-TTT--GTT-G--C--AGAT-TT-ACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACTAA-G---A---T---A-CA---TGTAGA-TAC--G--TATACGACTT-AA--T----AG-A--TG-AAC-GAG--TAC-TTGT--TCA--C-GAG--TT--CC-----A--A-TAAT----TAAAA
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gi|110994                     :    TTGTTCAA-A---A-A-C----AATG--A---C---TAA-A-----TT-CTCTTT-TATG-C--C--AGTT-TTTATC----------T-AA-T-AA--T--GATAAA---GG----A---AACTA--G---G---CCTAA-GA---TCTAAT-TAT--G--AA--CGACTT-AG--T----AGTA--TG-AAC-GAG--aaaaaa
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gi|110995                     :  atTTGTTCAA-A---A-CAC----AAT---G---TGACTAA-A-----TTTCT-TTT-TATT-GACT--AGTT-TTTATC----------T-AA-T-A---T--GAT--A---GAATGGA---AACTA--G---G---CCTAA-GA---TCTA---TAT--G--AAACCGACTTGAG--T----AG-A--TT-GAC-GAG---AG-T-----TCAT-T-GAGTTTT--TC-----A--G-TAAT----AAAAAAaaaaa
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|110987 ): ATTTGTAATTCAAACAATGGTGTGCTTAAAATCAATGGAGTTTTTAGCAAATGATTAATTCAAAACCAGTAACGGCTAAATAAGCACGGCTAAGTAGATGGACAAGCTCACGAATTCCAATAAATAAAAAA






Alignments
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Reference ( family-634 )      :                                    TTGTT-CAA-A---A-T-C----AATA--G---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--A-GTT-TTTACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACT-AGG---T---A--C---ATNT---AAG-TAC--G--TA--CGACTT-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--C-GA-G--TTC--C-----A--A-AAAT----TAAAAA
gi|110970                     :                                    TTGTT-CAAGA---A-C-T----AATG--A---TA---AA-A-----TT-CT-TTT-TATT-G--C--A-GTT-TTTATC----------T-AA-T-AAT-A--GAT--A---AA----GG--AACT-AGGCC-T---A--G---A-CT---A---TAT--G--AA--CGACTT-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--T-GA-G--TTC--C-----AGTA-AAA------AAAA
gi|110971                     :                                  atTTGTT-CAA-A---A-T-C----AGTA--A---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-T--T-A--C--A-GCT-TTTACC----------T-AA-T-AAT-T--AAC--A---GA----A---AACT-AG-----------------CT---AAG-TACATG--TA--CGACTT-AG--A----A-A-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--T-GG-G--TTC--C-----A--A-TAAA----TAAAAAgaa
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Reference ( family-634 )      :                                    TTGTT-CAA-A---A-T-C----AATA--G---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--A-GTT-TTTACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACT-AGG---T---A-C---ATCT---AA--G-TAC--G--TA--CGACTT-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--C-GA-G--TTC--C-----A--A-AAAT----TAAAAA
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Reference ( family-634 )      :                                    TTGTT-CAA-A---A-T-C----AATA--G---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--A-GTT-TTTACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACT-AGG---T---A-C---ATCT---AA--G-TAC--G--TA--CGACTT-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--C-GA-G--TTC--C-----A--A-AAAT----TAAAAA
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gi|110985                     :                                  atTTGT--CAA-A---A-T-C----AGTA--G---TA--ATA-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--A-ACT-GTTACCT---------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACT-AGAT--T---A-C---ATGT---AA--GTTAC--G--TA--CGACTT-AA--T------G-A--TG-AAC--GA------G--------TCTAGCTC--A--C-GA-G--TTT--C-----A--ATAAAT----TAAAAAaa
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gi|110988                     : atttgtaattcaaacaatggtgtgcttaaaatcaaTTGTT-CAA-A---A-A-CGCAAAATG--A---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-TATT-G--C--AAGTT-TTTATC----------T-AA-T-AAT-A--GAT--A---AA----GG--AACT-AGGCC-T---A-G---CTCT---A-----TAT--G--AA--CGACTT-AG--T----AAG-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--T-GA-G--TTC--C-----AGTA-AAA------AAAAA
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gi|110991                     :                                   tTTCTT-CAA-A---A-T-C----AGTA--G---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--A-GCT-TTTACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACT-AGA---T---A-C---ATGT---AA--G-TAC--G--TA--CGACTT-AA--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------TACTA-TC--A--C-GA-G--TTT--C-----A--A-AAAT----TAAAAAagaa
gi|110992                     :                                    TTGTT-CAA-A---A---C----AATG--A---TA--TGA-T-----AT-CT-TTT-TATT-G--A--A-GTT-TTTATC----------T-A--T-AGA-T--GAT--AAAGGA----T---AACT-AGGCC-T---A-G---ATCT---A-----TAT--GA-GA--CGACTT-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--TAGA-G--TTT--C-----A--A-G-------TAAAAA
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gi|110994                     :                                    TTGTT-CAA-A---A-A-C----AATG--A---C---TAA-A-----TT-CTCTTT-TATG-C--C--A-GTT-TTTATC----------T-AA-T-AA--T--GATAAA---GG----A---AACT-AGG---CCTAA-G---ATCT---AA--T-TAT--G--AA--CGACTT-AG--T----A-GTA--TG-AAC--GAG-----G--------T-----TC--AT-T-GA-G--TTaa
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gi|110996                     :                                    TTATT-CAA-A-----T-A----AATG--G---TA--TAA-------TT-AT-TTT------------A-GGT-TTTAGC----------T-AA-T-AAT-T--AAT--G---GA----A---AACC-AG----T---AGC---AATT---AG--G-TAA--T--TA--CGACTA-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--C--T-GA-G--TTCATC-----A--ATAAAT----AAAAAAaaaaa
gi|110997                     :                                                                  ---TA--TGA-A-----TT-CT-TTT-TATT-G--C--A-GTT-TTTATC----------T-AATT-AAT-T--GAT--A---AAG---G---AACT-AGGC--T---A-G---ATCT----A--T-TAT--G---A--CACCTT-GG--T----A-GAA--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--T-GA-G--TTC--C-----AGTA-AAA------AAAAAa
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gi|110999                     :                                                                                                                                             AT--A---GA----A---AACG-AGA---T---A-C---GTGT---AA--G-TAC--G--TA--CGACTT-AA--T----A-G-A--TG-AATA-AA------G--------T-----TC--A--C-GA-G--TTC--C-----A--ATAAAT----AAAAAA


blockSeqs                     :                                         T   . TAC AC  GCAA   GGCAT    CA   T ATTAA  T  C   ATT  T AC CT A   G      TAATTTTAAG A  T A   C TG   AA AAG  ATGG GGA    A  GCCTAAG         C TGT GTCG   CAT TAT AC      G  CC GTGG A T AC  A   GA  GTACTT TATACTAA ACTAG  AT GGT   C TT   AT CCAGT GTAA   TAAAAT
blockSeqs                     :                                         T   . .   CA  .      GGAC     AC   . .      .  A   TG   . A  .  .   .      T          .  . .   . .    A  .    ATGG G      .  GGCCTAG         C .   AGT    TA  TAT AC      .  .  .    . A T   A   GA  G      A        ACTTG  .  CC    . T    .  A     GTAA   AT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AAAG     C    . .      .  C   TG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    A  .    G    .      .  GCCTAAG         C .   AG     T   AG  AC      .  .  .    . . .   .   A   .      T        CTAGC  .  TA    . .    .  .     GTAA   AT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   C   .      AAG      .    . .      .  .   TG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GCCTAAG         T .   AG     T   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        ACTA   .  TT    . .    .  .     GTAA   TA    
blockSeqs                     :                                         .   . .   C   .      AA       .    . .      .  .   CA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GCCAGA          G .   AG     C   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        AA     .  TT    . .    .  .     TAA    TT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      GA       .    . .      .  .   TG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GCCTAG          G .   AG     C   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     ATA    AT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      TG       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GATCAC          G .   AG     C   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     ATA    AT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AA       .    . .      .  .   TG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  TTAAAC          C .   AG     T   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     ATA    TA    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AG       .    . .      .  .   CA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GCCTAG          G .   GA     C   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     ATA    TT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AA       .    . .      .  .   TG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GCCTAG          C .   GA     A   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     TAA    TT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AG       .    . .      .  .   TG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GATAC           G .   AA     C   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     ATA    TT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AG       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATTAC           G .   AG     C   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     ATA    TT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AG       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GCCTA           T .   AG     C   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     AT     TA    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AA       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  GCTAG           G .   AT     A   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     AT     TT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AG       .    . .      .  .   AG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATAC            C .   AT     T   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     AT     TA    
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AA       .    . .      .  .   TG   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ACAC            C .   GG     T   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     AT     TA    
blockSeqs                     :                                         .   . .   C   .      GA       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATAC            C .   AT     C   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     AG     AT    
blockSeqs                     :                                         .   . .   A   .      TG       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATAC            C .   GA     T   C   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     AC     TA    
blockSeqs                     :                                         .   . .   C   .      AG       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  TAAC            A .   AG     T   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     AA     T     
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      AG       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATAC            G .   A      T   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     AT     .     
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      GA       .    . .      .  .   TA   . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATAC            C .   A      T   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     AT     .     
blockSeqs                     :                                         .   . .   C   .      GA       .    . .      .  .   T    . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  TAGC            C .   .      A   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     AA     .     
blockSeqs                     :                                         .   . .   A   .      GG       .    . .      .  .   A    . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATAC            C .   .      T   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     AA     .     
blockSeqs                     :                                         .   . .   T   .      G        .    . .      .  .   G    . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  ATA             C .   .      A   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .    .  .     AT     .     
blockSeqs                     :                                         .   . .   .   .      G        .    . .      .  .   G    . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  TA              T .   .      C   A   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     AA     .     
blockSeqs                     :                                                                       .    . .      .  .   .    . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  G               C .   .      .   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     AG     .     
blockSeqs                     :                                                                                                 . .  .  .   .      .          .  . .   . .    .  .    .    .      .  C               G .   .      .   T   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  T     . .    .  .     GT           
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blockSeqs                     :                                                                                                                                               .  .    .    .      .  .               . .   .      .   .   .       .  .  .    . . .   .   .   .      .        .      .  C     . .                          


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                            ***       GTAC**********        AG***                                                                                             AT***  TT****
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Alignments
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lowQualScore                  :                                         1   5 777 666 3333   8888888  66   5 77777  5  4   222  4 44 00 4   4    4 4444444444 4  4 4   4 99   55 333  0000 000    3  99999999999999  6 333 00000  111 666 55      3  88 8888 3 7 22  7   00  222222 55555555 77777  88 6666   33  88 88 3  3 3  222222      
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Reference ( family-634 )      :                                    TTGTT-CAA-A---A-T-C----AATA--G---TA--TAA-A-----TT-CT-TTT-TGTT-G--C--A-GTT-TTTACC----------T-AA-T-AAT-T--GAT--A---GA----A---AACT-AGG---T---A-C---ATCT---AA--G-TAC--G--TA--CGACTT-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--C-GAG--TT--C--C-AA-T-AA-T----TAAAAA
gi|110970                     :                                    TTGTT-CAAGA---A-C-T----AATG--A---TA---AA-A-----TT-CT-TTT-TATT-G--C--A-GTT-TTTATC----------T-AA-T-AAT-A--GAT--A---AA----GG--AACT-AGGCC-T---A-G---A-CT---A-----TAT--G--AA--CGACTT-AG--T----A-G-A--TG-AAC--GA------G--------T-----TC--A--T-GAG--TT--C--C-AG-T-AA-------AAAAA
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