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lowQualScore                  :          .  .   ..  . ...  . . .  .   .   .. ....     .....  .. .       .  .    
lowQualScore                  :          0  3   88  3 333  3 3 3  3   3   88 6666     00000  88 3       4  7    
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Reference ( gi|73986 )        : TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CC--C-GACCATA-TA-TCAA
gi|73987                      : TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAG-----CC--C-GACCATA-TA-TCAA
gi|73989                      : TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CC--C-GACCATA-T
gi|73991                      : TAAACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CC--C-GACCATA-TACTCA
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Reference ( family-598 )      :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
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Alignments
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Reference ( family-598 )      :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
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gi|74013                      :        GACTTAT-CG-CT---AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--AT---TTGAA-----ACC-C--ACCATA-TA-TGAA
gi|74014                      :        GACTTATGCGGCTT--AT-A---T--C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAG-----CCCGG--ACCATA-TA-
gi|74015                      :        GACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TTC-AAC--GCATCTTGAGACAATCCC-A--ACCATAGTA-TCAA
gi|74016                      :           TTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AGC--A----TTG-A-----CCC-G--ACCGTA-TA-TC
gi|74017                      :                   tTT--AT-A---TT-C-A-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATT-TA-CCA


blockSeqs                     :               T  G   TA  C AAT  T T C  A   A   CT CATC     ACAAT   G AC      G  C
blockSeqs                     :               A  .   .   . .    . . .  .   .   .  T        TC      . .       .  .
blockSeqs                     :               G  .   .   . .    . . .  .   .   .  T        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  T        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .  .
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .   
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .   
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .   
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .       .   
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .           
blockSeqs                     :               .  .   .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .           
blockSeqs                     :                      .   . .    . . .  .   .   .  .        .       . .           


blockSeqCons                  :      
originalCons                  :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
finalCons                     :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA





Alignments
lowQualScore                  :               3  1   11  1 222  1 1 1  1   1   11 6666     44444   1 11      1  1    
lowQualScore                  :               .  .   ..  . ...  . . .  .   .   .. ....     .....   . ..      .  .    
lowQualScore                  :               9  3   77  2 222  2 2 2  2   2   77 4444     88888   2 77      4  6    
consensus                     :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
Reference ( family-598 )      :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
gi|73986                      :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
gi|73987                      :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAG-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
gi|73988                      :      TAGATTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----GTGGA-----TTC-G--A
gi|73989                      :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-T
gi|73990                      :      TAGATTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-T-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATA-
gi|73991                      :      TAAACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TACTCA
gi|73992                      :      TAGATTTAT-CG-ATT--GT-A---TT-C-GCCC-TCCAAAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTAT
gi|73993                      :      TATACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCT-G--GCCATA-TA-TCAA
gi|73994                      :      TAGATTTAT-CG-ATT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATT-TA-CCAA
gi|73995                      :      TAGAC--AT-CG-CT---AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
gi|73996                      :      TAGGCTTAT-CG-CTT--AT-A---TC-T-G-CC-TCC-AAC--A----ATGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
gi|73997                      :      TAGGTTTAT-CG-ATT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-ATC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATT-TA-CCA
gi|73998                      :      TAGATTTAT-CG-ATT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATT-TA-CCA
gi|73999                      :      TAGACTTAT-CG-CTT--AT-A---TTTC-G-CC---C-AAT--T----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-TCAA
gi|74000                      :      TAGACCTAT-TG-ATT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TT-TCAA
gi|74001                      :      TAGATTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C------TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATA-TA-
gi|74002                      :      TAGATTTAT-CG-TTA--AT-A---T--C-G-CC-CCC-A-C--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATA-
gi|74003                      :      TAGACCTAT-CG-CTT--A--A---TT-C-G-CCATCC-AAT--A----TTGAA-----CCC-G--ACCATA-TA-ACAA
gi|74004                      :      TAGACTTATTCG-CTT--ATCA---TT-C-G-CC-TCC-AAC--AT---TTGAA-----CCC-G--ACCAT--TA-TCA
gi|74005                      :      TAGATGTAT-CG-ATT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----ACC-C--ACTATT-TA-CCAA
gi|74006                      :      TAGACTTAGATG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--AT---TTGAA-----GCC-G--A-CATA-TA-TCAA
gi|74007                      :           TTAT-CT-GTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAT--A----TTGAA------CC-GACACCATA-TA-TCAA
gi|74008                      : taagtTAGA-TTAT-CG--TT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A-----TGAA-----CCC-G--ACTAT
gi|74009                      :      TAGATTTAT-TG-ATTTAAT-A---T--C-G-CC-TCC-A-C--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATT-TA-CCA
gi|74010                      :      TAGATTTAT-CG-ATT--AT-AAATTT-CTG-CC-TCC-AAC--A----TGGAATC---CCC-G--ACTATA-TA-CCA
gi|74011                      :        GATTTAT-TG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CGC-G--GCTATA-T
gi|74012                      :        GATTTA--CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AACCTA----TTGAA-----CCC-G--ACCGTA-TA-TC
gi|74013                      :        GACTTAT-CG-CT---AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AAC--AT---TTGAA-----ACC-C--ACCATA-TA-TGAA
gi|74014                      :        GACTTATGCGGCTT--AT-A---T--C-G-CC-TCC-AAC--A----TTGAG-----CCCGG--ACCATA-TA-
gi|74015                      :        GACTTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TTC-AAC--GCATCTTGAGACAATCCC-A--ACCATAGTA-TCAA
gi|74016                      :           TTAT-CG-CTT--AT-A---TT-C-G-CC-TCC-AGC--A----TTG-A-----CCC-G--ACCGTA-TA-TC
gi|74017                      :                   tTT--AT-A---TT-C-A-CC-TCC-AAC--A----TTGAA-----CCC-G--ACTATT-TA-CCA