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Reference ( gi|86106 )        :             AAAAAATG-A--A--A--CG---------T-A-GA---------A-AAA-CG-T--ACA-GA-A-A-CGT-A-C-A-C-GAT----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-A-G--C--G-C-AGC-T-G---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CG-T-GA-G-G-G-A---TTTT-C--TT--TGTT-A----C----TTTTTA
gi|86109                      :             AAAAAATC-A--A--A--CG---------T-A-GATGAAACATAG-AAA-CA-T--ACA-GA-A-A-CGT-A-C-A-C-GAT----ACG-T-AAAA----ATG-C-G-C---AAT---GAA-A-G--C--G-C-AGC-T-G---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CG-T-GA-G-T-G-A---TTTT-A--TT--TGTT-A----CGT--TTTTTA
gi|86110                      :             AAAGAATG-A--A--A--CG---------T-A-GA---------A-AAA-TG-T--ACAGGA-A-A-CGT-A-C-A-C-GA-----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---G-A-A-G--C--G-C-AG--T-G---A-T-G-CG--T-AGGAG-AA-A-CG-T-GA-G-G-G-A----TTT-C--TT--TGTT-A----C----TGTTT
gi|86138                      :             AAAAAATG-A--A--A--C--------------------------------G-T--ACA-GA-A-A-CGT-A-C-A-T-GAT----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-A-G--C--G-C-AGC-T-G---A-T-G-CA--A-A-GAG-AA-A-CG-T-GT-G-G-G-A---TTTT-C---T--AGTT-A----C----TTTTTA
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gi|86139                      :             AAAAAATG-A--A--A--CG---------T-A------------------C------TA-GA-A---CGT-A-C-A-C-GAT----ACG-T---TA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-A-G--C--G-C-A-C-T-G---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CT-TGGA-G-G-GTAGTTTCTT-C--TT--TGTA-AG---C----TTTTTA
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gi|86107                      :             AAAATATT-ACCA--A--CG---------T-A-GA---------AGAAA-CG-T--AGA-GA-A-A-CGT-A-C-G-C-AAT----ACG-T-AGAA----ATA-C-G-T---AAT---AAA-A-A--C--G-C-ATA-T-G---A-T-G-C---T-A-AAG-AA-A-
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gi|86135                      :   aaaaaatgaaacgtagaa-A--A--A--CG---------T-A-CA---------A-AAA-CG-T--ACA-GA-A-A-CGTAA-C-A-C-GA-----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-A-G--C--G-A-AGC-T-G---A-G-G-CG--T-A-GAGAAA-A-CG-T-GA-G-G-G-A---TTTT-C--TT--TGTT-A----C----TTTTTA
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Alignments
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Reference ( family-519 )      :                   AAAAAATG-A--A--A--CG---------T-A-GA---------A-AAA-CG-T--ACA-GA-A-A-CGT-A-C-A-C-GAT----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-AA--C--G-C-AGC-T-G---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CG-T-GA-G-G-G-A---TTTT-C--TT--TGTT-A----C----TTTTTA
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Reference ( family-519 )      :                   AAAAAATG-A--A--A--CG---------T-A-GA---------A-AAA-CG-T--ACA-GA-A-A-CGT-A-C-A-C-GAT----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-AA--C--G-C-AGC-T-G---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CG-T-GA-G-G-G-A---TTTT-C--TT--TGTT-A----C----TTTTTA
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gi|86144                      :                                                                                                                                                               ---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CG-T-GA-G-G-G-A---TTTT-A--TT--TGTT-A----C----


blockSeqs                     :                           G CC TG GA  TAGAGAACG C A  TGAAACATA G   G  G CA G G  T G G   A A C G C   GATA   C T    CATG   G T T GAG   TAA   C  AC GG T A   A T CTG C A T  TT A G   A  T A  C T  C C T T GTT    TAA   TA    A CCTC GTCG
blockSeqs                     :                           G C  .  .   .         . .  TCG       T   A  . .  C A  . G A   C . C A C   .      . G    .      . G T .     A     .  AC .  . .   . . TT  . . G  G  . .   .  . .  T G  . T . . TT     CT    .     C G    GT  
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  T         G   A  . .  C .  . . .   A . . . T   .      . .    .      . . . .     .     .  G  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      CA    .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  T         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      TC    .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  T         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      TC    .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  G .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  G .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  G .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  G .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  G .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  T .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  G .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  T .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  T .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      C     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  T .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     . .    .   
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  C .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      T     .     . .        
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  T .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .      A     .     .          
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  G .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .  . . . . .                             
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  . .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .  . .                                        
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  . .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .                                             
blockSeqs                     :                           . .  .  .   .         . .  .         .   .  . .  . .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                    .  . .  . .  . . .   . . . . .   .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                     .      . .    .      . . . .     .     .  .  .  . .   . . .   . . .  .  . .   .  . .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                   .      . . . .              .  .  . .   . . .   . . .  .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               .   . . .                                                              


blockSeqCons                  :                   
originalCons                  :                   AAAAAATG-A--A--A--CG---------T-A-GA---------A-AAA-CG-T--ACA-GA-A-A-CGT-A-C-A-C-GAT----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-AA--C--G-C-AGC-T-G---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CG-T-GA-G-G-G-A---TTTT-C--TT--TGTT-A----C----TTTTTA
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Reference ( family-519 )      :                   AAAAAATG-A--A--A--CG---------T-A-GA---------A-AAA-CG-T--ACA-GA-A-A-CGT-A-C-A-C-GAT----ACG-T-AGAA----ATG-C-G-T---AAT---GAA-AA--C--G-C-AGC-T-G---A-T-G-CG--T-A-GAG-AA-A-CG-T-GA-G-G-G-A---TTTT-C--TT--TGTT-A----C----TTTTTA
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