lowQualScore                  :                                                                               11111                                                               1111   11                                         22222              22222             1111111                       111                                                               11111                                                                                                      11111111111111111111                                                                                       
lowQualScore                  :              1 222 777777   333 2 22 1  1 222 333 1 1 44444 11  1 4444  1  1  22222   1  1  55555      1 2 1    22    1  1 11 1  3  2  11 1 1 111 1111 1 22 1  1  1 2 4444444 2222   44    555555 1 22222  1 6 1 1  4  44444     44444   0000000  33  22   22  7777 1  666 1  3   3333 3 44 3 2222 88888     7777   1 11    11 11   1 11 22222 3333 1 33333   33333 2 1  22 2  33  1 44 55555 1 2 1 222 1   1 33 3 1  444 1 1    88888 44  1  1  44 77777777777777777777 22 3  3   66666666  55555555  66    1 1 1   2  4 2 66    2 2  2    2   55    2  2     
lowQualScore                  :              . ... ......   ... . .. .  . ... ... . . ..... ..  . ....  .  .  .....   .  .  .....      . . .    ..    .  . .. .  .  .  .. . . ... .... . .. .  .  . . ....... ....   ..    ...... . .....  . . . .  .  .....     .....   .......  ..  ..   ..  .... .  ... .  .   .... . .. . .... .....     ....   . ..    .. ..   . .. ..... .... . .....   ..... . .  .. .  ..  . .. ..... . . . ... .   . .. . .  ... . .    ..... ..  .  .  .. .................... .. .  .   ........  ........  ..    . . .   .  . . ..    . .  .    .   ..    .  .     
lowQualScore                  :              4 555 666666   888 8 33 4  4 444 888 4 4 88888 99  4 8888  4  4  77777   4  4  22222      2 5 2    88    2  2 66 2  5  4  77 2 2 888 9999 2 44 2  3  3 6 2222222 7777   33    555555 3 88888  3 5 3 3  7  00000     77777   6666666  66  22   00  2222 5  888 5  0   1111 0 88 0 1111 77777     1111   4 99    99 99   4 99 11111 0000 4 66666   66666 9 4  00 9  44  4 88 55555 4 9 4 555 4   5 55 0 5  666 5 5    88888 00  7  7  00 55555555555555555555 44 5  6   66666666  00000000  11    9 2 9   1  2 1 88    1 1  1    1   66    4  5     
consensus                     :      TTTTTTTC-T---AT----AATT---C-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-T-G-G-T--GNC-CN-C-CG-TT-A-T-------T----AAT-TTCAA------A-T-CT--AT-GNC-C-CGACA--T-NCGTTT-----ATT-T-----AGN-GAC-CCC--TTN---G-TTTCTC-CCAACA----T-AT-A-T--G-A-G-C-CCACA--T-AGG-T--TACA--T--TCA-A--T-T-C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-T-G---C-AGG-T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------CT--G--T--TG-NTTGG-TTA-AAT-TG-C-T-NGTAA-A-TG-AATT-TCC--AGTG-AT-AAGAA
Reference ( gi|133026 )       :      TTTTTTTC-T---AT----GATT---C-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--A--AAT-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-T-G-A-T--GTC-CG-C-CG-TT-A-T-------T----AAT-CTCAA------A-T-TG--AT-GGC-C-CGGCA--G-ACGTTT-----ATT-T-----AGA-GAC-CCC--TTG---G-TTCCTC-CCGACA----T-AT-A-T--G-A-G-C-CCACA--T-AGG-T--TACA--T--TCA-A--T-C-C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-T-G---C-AAG-T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------CT--G--T--TG-GTTGG-TTA-AAT-TG-C-T-AGTAA-A-TG-AATT-TTC--AGTG-AT-AAGAA
gi|133011                     :      TTTTTTTC-T---AT----GATT---C-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--A--A-T-GG-TC--G--GGG-AA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-T-G-A-T--GAC-C--T-CG-TT-A-T-------T----AAT-CTCAA------A-T-TT--AT-GGC-C-CGGCA--T-ACGTTT-----ATT-T-----AGA-GAC-CC---TTG---G-TTC-TC-CCGACA----T-AT-A-T--G-A-G-C-CCACA--T-AGG-T--TACA--T--TCA-A--T-C-C------G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-T-G---C-AAG-T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------CT--G--T--TG-GTTGG-TTA-AAT-TG-C-T-AGTAA-A-TG-AATT-TTC--AGTG-AT-AAGAA
gi|133013                     :    atTTTTTTTC-T---AT----AATT---C-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--G--GGAGAAAT-T-AAAA--TGTT-TAAT--A-AA-GA-AG--T-T-G-G-T--GGC-CT-C-CG-TT-A-T-------T----AAT-ATCAA------A-T-CT--AT-GAC-C-CGACA--T-ACGTTT-----ATT-T-----AAA-GAA-TCCGTTTT---G-TTTCTC-C-AACA----T-AT-A-T--G-A-G-T-CCACA--T-AGG-T--TACA--T--TCA-T--T-T-C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--GG-AA-G---A-T-T-T-G---C-ACG-T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------CT--G--T--TG-TTTGG-TTA-AAT-TT-C-T-TGTAA-A-TG-AATT-TCT--AGTG-AT-AAGAA
gi|133014                     :    atTTTTTTTC-T---AT----AATT---C-TC-A-CT-T-------C-A-T-----A--GA-T----TA-GA-TG--C--AAT-GG-TC--G--GGAGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AAAGA-AG--T-T-G-G-T--GGC-CT-C-CG-TT-A-T-------T----AAT-TTCAA------A-C-T---AT-GAC-C-GCACA--T-ACGTTT-----ATT-T-----AAAAGAT-CCC--TTT---G-TTCT---CCAACA----T-AT-A-T--G-A-G-T-CCACA--T-AGG-T--TACA--T--TCA-A--T-T-C-C----G-T-----AGA-----CAA-AC--A-TT--GG-AA-G---A-T-T-T-G---C-ACG-T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-C------G--------------------T--A-GA-AAA--------CT--G--T-----GTTGG-TTA-AA--TG-C-T-TGTAA-A-TG-AATT-TCT--AGTG-AT-AAGAA
gi|133016                     :    atTTTTTTTC-T---AT----AATT---CCTC-A-CT-C---TTTCC-A-T-----A--GA-T----A--GA-TG--A--AAT-GG-TCAAG--GAGGAA-T-TTAAAA--TGTTATA-T--A-AG----AG--T-T-G-G-TTTGGC-CT-C-CGCTT-ACT-------T----AAT-TTCAA------A-T-CT--AT-GGA-C-CGACACTA-ACGTTCCTTAAATT-T-----AAA-GGGGCCC--TTG-----TTTCTC-C-AACA----T-AT-A-T--G-A-G-GGCCACA--T-AGG-TATTACA--T--TCA-A--TAT-C-C----G-T-----AGA-----C-AGAC--A-TT--GG-AA-G---A-T-T-T-GGCAC-GAC-T--C-A-GAAT-T-T-TCCA-C-C-AA-GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------CT--G--T--TC-TTTGGCTTACAGT-TG-C-T-TGTAA-A-TGAAATT-TTCTAAGTGAAT-AAAAA
gi|133015                     :    acTTTTTTTT-T---AT----AATT---C-TT-A-CT-T---T---T-A-T-----A--GA-C----AA--A-TGGAA--AAT-GG-TC--G--GGA-AG-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AG-AA-TG--T-T-G-G-T--GGC-CT-C-CG-TA-A-T-------G----AAA-TTCAA------A-T-CT--ACAGGC-C-CGACA--T-ACGTTT-----ATT-A-----AAA-G---TCC--TTT---G-TTGTCT-CCAACA----TAAT-A-T--GAA-G-T-CCACA--T-AGGTT--TACA--T--TCA-A--T-T-C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TTG-GG-AC-G-----T-T-T-G---C-AA-------A-G----T-T-T---------------T-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------CT--A--T--TGTTTTGG-TTA-AAT-TGCC-T-TGTAA-A-TG-AATT-TT
gi|133018                     :    atTTTTTTAC-T---A------ATTT--C-TC-A-CC-TCGTT---C-A-T-----A--GA-T----AATGA--G--G--AAT-GG--C--G--CGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AAGTT-T-G-A-T--G-C-CT-C-CG-TT-A---------T----AAT-TTCAA------A-T-TC--TT-GAC-C-C-ACA--T-ACGTTT-----A-T-T-----AAA-AAT-CCC--TTG---T-ATTCTC-CGTATA----T-AT-A-T--G-A-G---CCACA--T-A-G-T--TACACCT--TCA-A--T-T-C-C----G-T-----ATG-----CAA-AC--A-TT-----AC-G---T-T-T-T-G---C--AG-T--A-A-GT---C-T-TTCA-C-C-A--GT-TT-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------C---G--C--CT-GTTGT-TTA-AAT-GT-C-T-TGT-A-A-T--AATT-CTC--A-TG-ATCGAGAA
gi|133027                     : atttgTTTCTTTC-T---AA----ATTT---C-TA-A-TT-T---T---C-A-T-----T--GA-C----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--A--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--A-CA-AA-TG--T-T-G-G-T--TTC-CG-C-CA-TT-A-T-------T----AAT-TTGAA------A-T-AT--AT-GTC-C-CTATA--T-TCTTTT-----GTT-G-----AGT-GAC-CTC--TTA---G-TTTCT--CCAACA----T-AA-A-TCAA-A-G-C-ACAGA--T-AG-----TACA--C--TTA-T--T-T-G-C----G-T-----TGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-C-T-A---C-AGA-T--C-A-AA---T-T-TT---C-C-AAGGT-TT-TG--G--------------------T--A-GA-GAAATTACGTCCT--G--T--TG-G----------AT-TA-C-T-AGTAA-A-GG-AATT-CCT--AGTG-AT-
gi|133019                     :      TTTTTTTC-T---AA----AATT---C-TA-A-CT-T---T---C-A-T-----T--GA-C----AG-GA-TG--G--AAT-GG-TC--A--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--A-AA-AA-AG--T-T-G-G-T--TTC-CG-C-CA-TT-A-T-------T----AAT-TTGAA------A-T-AT--AT-GCC-C-CGATA--T-TCTTTT-----GTT-G-----AGT-GAC-CCC--TTC---G-TTCC-C-CCAACA----T-A-------A-A-G------------AGG-G--TACA--C--TTA-A--T-A-G-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A---C-AGG-T--T-G-AA---T-C-TTTA-
gi|133023                     :    atTTTTTCTC-T---AA----AATT---C-T-------T---T---C-A-T-----T--GA-C----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TG--A--GGAGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-CA-AA-AG--T-T-G-G-T--TTC-CA-C-TA-TT-A-T-------T----AAT-TTGAA------A-T-AT--AT-GCC-C-CAATA--T-TCTTTT-----GTT-G-----GGT-GAC-CAC--TTA---G-TTTC-C-ACAAGA----T-AA-A-T--C-A-A-A-CCACA--G-AGG-G--TACA--C--TCA-A--T-T-G-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AA-AA-G---A-T-T-T-A---C-AGG-T--C-A-AA---T-T-TTCG-A-A-G--GT-TT-TC--G--------------------T--A-CA-GAA--------AT--T--A--CG-TCCTG-TGA-GAT-TA-C-T-TATAA-A-GA-AATT-CCT--CGTG-AT-
gi|133020                     :     tTTTTTTTC-TAAAATTCTAAATT---C-TA-A-CT-T---T---C-A-T-----T--G--C----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--A--ATGGAA-T-T-GAAA--TGTT-TG-T--A-CA-AA-AG--T-T-G-G-T--TTC-CG-C-CA-TT-A-T-------T----AAT-TTGAA------A-T-AT--AT-GCC-C-CGATA--------TT-----ATT-TTGTTGAAT-GA--CCC--TTA---G-TTC--C-CCAACA----T-AA-A-T--C-A-A-A-CCACA--G-AGG-G--TAAA--C--TCA-A--T-T-G-C----G-T-----A-A-----C-A-A---A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A---C-AGG-T--C-A-AA---T-T-TTCG---A-A--TT-TT-TG--A--------------------T--A-CAGAAA--------TTACG--TCCTG---TGA-T----GT-TA-C-T-AGTAA-A-GG-AATT-CCT--AATG-A
gi|133028                     :    atTTTTTTTT-T---AA----AATT---C-TA-A-CT-T---T---C-A-T-----T--GA-C----AG-GA-TG--G--AAT-GG-CC--A--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTG-TG-T--T-CA-AA-AG--T-T-G-G-T--TTC-CA-C-CA-TT-A-T-------T----AAT-TTGAA------G-T-TT--TC-GCC-C-CGATA--T-TCTTTT-----GTT-G-----AGT-GAC-CCT--TTC---G-TTTC-A-CCAACA----T-TA-A-T--C-A-A-A-CCACA--G-AGG-G--TACA--C--TCA-A--A-A-G-C----G-T-----AGA-----C-T-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A---C-AGG-T--C-A-CA---T-T-T
gi|133024                     :      TTTTCCCC-T---AA----AATT---C-TA-A-CT-T---T---C-A-T-----T--GA-C----AA-GA-TG--G--AAT-GC-TC--A--GGAGAA-T-C-AAAA--TCCT-TG-T--A-TA-GA-TG--T-T-G-G-T--TAC-CA-C-CA-TT-A-T-------T----TAT-TTGAA------A-T-CT--GT-TCC-C-CGATA--T-TCGTTT-----GTT-G-----AAT-GAT-CCC--TTA---A-TTTC-C-CCAACG----T-AA-A-T--C-A-A-A-CCACA--G-AGG-G--TACA--C--TTA-G--T-T-G-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A---A-AGG-T--C-A-AA---T-T-TTC
gi|133021                     :     tTTTTTTTCGT---AT----AATT---C-TC-A-CT-G---T---C-A-T-----A---A-T----AG-GA-TG--A--A-T-GGCTC--T--GGG--A-T-T-TAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-G-G-A-T--GGC-C--T-CG-TT-ATT-------T----AAT-TTCAAAGTTCTA-T-TG--AT-----C-CAACA--T-ACGTTT-----ATT-T-----A-A-GAT-CCC--TTT---G-TTTCT--CCAACA----T-AT-A-T--G-A-GTT-CCACA--T-AGG-T--
gi|133030                     :     aTTTTTTTC-T---AT----AATT---C-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--G--GGAGAG-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-TG--T-T-G-G-T--GGC-CT-C-C
gi|133029                     :      TTATTTTC-T---AT----AATT---C-TC-AACT-T---T---C-C-TT----A--GA-T----AA-GA-TG--TTTAAT-GA-TC--G--GGGGAG-T-T-AAAA--TG-T-TA-T----AA-GA-AG--T-T-G-A-T--GGC-CT-C-CG-TT-A-T-------T----AAT-TTCAA------A-T-CT--AT-GAC-C-
gi|133031                     :      TTATTTTT-T---AT----GAT----A-TC-A-AT-T---G-----A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC-----GGGGAA-TAT-AAAG-----T-TA-T--A-AA-GA-AG--TAT-G-A-T--GAC-TT-C----TT-A-T-------T----AAT-CTCAA------A-T-AT--AT-GAC-C-TGACA--T-GCGTTT-----CTT-T-----A
gi|133025                     :      TTTTTTTC-T---AT----AATT---C-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-AA-TG--A--AGT-GG-TC--G--GGAGAA-T-T-AAAA--TGT
gi|133032                     :     tTTTTTCTC-T---AA----AATC---CAGA-A-CT-T---T---C-A-T-----T--GA-C----AA-GA-TG--GG-AATCGG-TC--G--G---AA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--ATTA-TA-AA--T-T-G-G-T--TTC-C--C-CA-TT---T-------T----AA---TTGA------A-T-----AT--GT-C-CGATA--T--CTTTT-----TTT-TTTTG-AGT-GAC-TCA--TAGTAAG-ATC--C-CCAACA----T-AT--------------CAAAA--C-AGG-G--TAC---C--TC-----T-T-G-C----G-C-----------------AC--A-TT--AG-A--A---A-T-T-T-A---C-AGG-T--C-A-AA---T-T-T--A-CGA-A--GT-TT-TG--G--------------------
gi|133012                     :     ttTTTTTTC-T---AT----GATT---T-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--AA-T----AA-TA-TG--G--AAT-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAC--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-T-G-A-T--GAC-CT-T-CG-TT-A-T-------T----AAT-CTCAA------A-T-AT--AT-GGC-C-TGGCA--T-ACGTTC-----ATT-T-----AGA-GAC-CCC--TTG---GATTC--C-CCGACA----T-AT-A-T--G-A-G-C-CCACA--T-AGG-T--TACA--T--TCA-A--T-C-C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-C-G---C-AAG-T--C-A-AG---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------TAAA-AA-AAA--------CT--G--T--TG-GTTGG-TCA-AAT-TC-C-T-TGTAA-A-TA-AATT-TTC--AGTA-AT-AAGAA
gi|133017                     :    ataTTTTTTC-T---AT----GATT---C-T--A-AT-T---T---C-ATT-----A--GA-T----AA-GA-TG--G--AAT-GG-CC------GGGAA-T-A-AAAT--TGTT-TA-T--A-AA-GAGAG--T-T-G-AGT--GAC-CT-T-CG-TT-A-T-------T----AAT--TCAA------A-TCTC--AT-GGC-C-TGACA--T-ACGTTT-----A-T-T-----AGA-GA--CCC--TTG---G-TTTTCC-CCGACA----T-AT-ACC--G-A-G-C-CC-CA--T-AGG-T--TACA--TTCTCA-A--T-T-C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--ATTT--AG-AC-G---A-T-TCT-T---CAAAG-TTCC-A-GT---T-T-TTCC-C-C-A--GT-CT-TT--GCGTAATTTCACTTAGAAATTT--A-TA-AAA--------TG--A--T--TG-GATTG-TT--AAT-TGCC-T-AGTAATA-TG-ATTC-TTCG-AGTG-AT-AAGAA
gi|133033                     :    ataTTTTTTG-T---AT----GATT-----TC-A-CT-T---T---CCA-T-----A--GA-TCTATAA-GA-TG--G--AAT-GG-CC--G--GGG-AG-T-T-AAAAATTTTT-TG-T--A-AA-GA-TG--G-T-G-A-T--GAC-CC-T-CG-TTCA-T-------T----AAT-CTCAT------A-T-CT--AT-GAC-C-TGACA--TCACATTT-----ATT-TT----AGA-GAT-CCC--TTG---G-TTTCCG-CGAATACTAGT-AT-A-T--G-A-G-C-C-ACAA-T-AGG-T--TACA--T----A-A--T-T-C-C----A-T-----AGA----------------------AC-----A-C-T-T-G---C-ACG-TG-C-A-TA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-C--CG--G--------------------C--ACTA-AAA--------TT--G--T--TG-GTTGG-TTA-AAT-TG-C-T-TGT-A-A-TG-ATTT-TCC--AGTG-AA-AAGAA
gi|133034                     :       TTTTTTC-T---A-----AATT---C-TA-A-CT-T---T---T-A-TTGACAA--AA-TGC--AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--T--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--A-CA-AA-AG--T-T-----T--GTTACGAC-CA-TT-A-T-------T----ATT-TTGAA------A-T-AT--AT-GCC-C-CGATA--T-TCTTTT-----GTT-G-----CGT-GAC-CCC--TTA---G-TT-TTC-CCAACA----T-AA-A-T--G-----------------------TAAA--T--CAG-A--T-C-A-C----A-T-----CGG-----G-A-AC--A-CTCAAG-AA-G---A-T-T-T-A---A-AGG-T--C-A-AC---T-T-TTCG-----A--G------G--G--------------------T--A-GA-GAA--------AT--T--A--CG-TCCTG-TGA-GAT-TA-C-T-AGTAA-A-GG-AATT-CCT--AGTA-AT-
gi|133035                     :       TCTTTTC-T---AT----GATT---G-TC-A-TT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-G
gi|133036                     :        TTTTTC-T---AT----AATT---C-TC-A-CT-T---TC--C-A-T-----A--GATT----AA-GA-TG-----AAT-G---C-----GGGGAG-T-T-AAAA--TGTT-AA-T----AA-GA-AA--T-T-GAA-T--AGC-CT-C-CG-TT---T-------T----A---TTCAA------A-T-CT--AT-GAC-C-GATCA--T-ACGTTT-----ATTCT-----AAA-GAT-CCT--TT----G-TTTCTCAACAACA----T-ATAA-T--G-AGG-T-CCACA--T-AGG-T--TACA--A--TCA-AATT-C-C-CCCGGG-TTCAAAAGAAAACCC-A-ACAAA-GT--GGCAC-G---T-T-T-TGG---C-AAG-T--C-A-GA---T-TCTTCA-C-CAA--GT-TT-TGT-A--------------------T--A-GA-AAG--------CT--C--T--TG-TTTGG-TTA-AAT-TG-CTT-TGTAA-ATTG-AATT-CCT--AGTG-AT--AGAA
gi|133022                     :        TTTTCC-T---AA----AATT---C-TC-A-CT-C---T---C-A-T-----G--GA-A----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--C--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-GA-AA-AG--T-C-G-G-T--
gi|133037                     :    atttaTTTTC-T---AT----G-TT---C-TCCA-CT-T---T---T-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TGG-A--AAT-GG-TC--G--GG---A-T-T-AAAA--TGTT--A-T--A-AATGA-AG--T-T-G-A-T--GAC-TA-T-CG-TT-A-T-------TTTTGATT-CTCAA------A-T-CGTTAT-G-C-C-TGACA--T-ACGTTT-----ATT-TC----AGA-GAC-CCC--TGG---G-TTTC-C-CCGACA----T-AT---T--G-A---C-CCACAAAT-AGG-T--TACA--T--TCA-A--T---C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-GAT-A-T-T-T-G---C-AAG-T--A-A-GA---T-T-TTCA---C-A--GC-CTGTGAAA--------------------T--A-TA-AAA--------CT--G-----TG-GCTGG-TTA-AATATG-C-T-AGTAA-A-TG-AATTGTTC--AGTG-AT-AAGAAtaccagcattcaatatcatatcaaa
gi|133038                     :         TTTTT-T---AT----AATTGTTC-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--GG-AAT-GG-C------GGGAAA-T-T-AAAAA-TGTT-TA-T--A-AAAGA-AG--T-T-G-T-T--GGC-CT-C-CG-TT-A-T-------T----AAT-TTCAA------A-T-CT--AT-GAC-C-CGACA--T-ACGTTT-----
gi|133039                     :           TTC-T---AT-----ATT---C-TA-A-CTGT---T---C-A-T-----AAGGA-T----AA-GAATG--G--A-T-GG-TC--GCGGGGGAA-TGT-AAAA--TGTT-TA-TTGA-AG-GATAG--T-T-G-A-T--ACT-TG-A-CG-TT-T-T-------T----TATTCTCAA------T-T-TA--A--GGC-CGTGACATTG--CGTTTT----ATT-TC----AGA-GAC-CCC--TTG---G----CTC-CCGACA----TTAG-A-T--G-A-T-C-CCA----T-AGG-T--TACA--T--T-A-A--T-C-C------G-T------GA-----C-A-TC--T-TG--AG-AC-T---A-TGT-T-G---C-AAGGT--C-A-AA---T-T-TTCA-CGC-A--GTTCT-TG--G--------------------T--AGTA-A----------CT--GATT--TG-GTTGG-TCA-A-T-TG-C-TTATTAA-A-TG-AATT-TTC--AGTA-AT-AAGAA
gi|133040                     :                           TT---C-TC-A-CT-T---T---C-A-T-----A--GA-T----AA-GA-TG--G--AAT-GG-TC--G--GGAGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-C-G-G-T--GGC-CT-C-CG-TT-A-T-------T----AAT-TTCAA------A-T-CT--AT-TAC-C-CGACA--T-ACGTTT-----ATT-T-----AAA-GAT-CCC--TTT---G-TTTCTC-
gi|133041                     :                                                                                             --G--GGGGAG-T-C-GAAA--TGTT-TG-T--A-CA-GA-AG--T-T-G-A-T--TAC-CA-C-TA-AT-A-TCTTGTTGT----AAT-CTT-----------------T-GCC-C-CGATT--T-TCTTTT-----GTT-G-----AGT-GGC-TCC--TTA---G-TTT-TC-CCAACA----T-AA-A-A--G-G-A-T-CCACA--A-AGG-T--AACA--A--TCA-A--T-T-G-T----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TC--GG-AC-G-----C-T-T-G-----AAA-T-------A---T-T-----------------T-TG--G--------------------T--A-CAGAAA--------CT--A-----CA-TCCAG-TGA-GAT-TA-C-T-AGTAA-A--G-GATT-T
gi|133042                     :                                                                                                   GGGAA-T-T-GAAC--TGTT-TA-T--A-GA-GA-AG--C-C-G-A-T--TTT-TT-C-TA-TC-A-T-------C----AAT-CTGAA------A-T-CT--AT-ATC-C-CAGTT--G-TCTTTT-----ATT-T-----ACT-GAC-CTC--CTA---G-TTTCTC-T--ACG----T-AA-A-T--C-G-G-T-CCACA--A-AGA-T--TGC---T--T------------G----G-T-----AGA-----T-A-G---A-GT--GT-ACAG---A-T-T-T-T---C-AGG-T--C-A-AA-------TTCACC-C-A--GT-TC-TG--A--------------------T--A-
gi|133043                     :                                                                                                        -T-T-GAAA--TATC-TA-T--A-GA-GA-AG--T-T-A-G-T--TAC-CA-C-AA-TT-A-T-------T----TAT-TTGAGGT----A-T-T----T-GTC-C-CGATA--T-TCTTTT-----ATT-C-----AGT-GAC-CCT--TTA---G-TTTC-C-CCAACA----T-TA-A-T--T-A-A-T-CAACA--A-AGG-T--TACA--C--TCA-A--
gi|133044                     :                                                                                                            -AAGA--TGTT-T--T-------GA-AG--T-T-G-A-A--GGC-CT-CGCG-TT-A-T-------T----AAT-TTCAG------A-T-CC--AT-GACGC-CGACA--T-TCGTTT-----ATT-T-----AAA-GAT-CCC--TTT---G-TTTCTC-C-GACA----T-AT-AGT--G-A-G-C-CCACA--TAAGG-T--TCCA--T--TCA-A--T-T-CGC----GTT-----TGA-----C-A-AC--AGTT--GG-AC-GCGAG-T-T-T-G---C-AAG-T--CAA-GA---T-T-CTT--C-T-A--GT-CT-CG--GGT------------------C--A-TA-AAA---------T--G--T--TG-TTCGG-TCA-ct
gi|133045                     :                                                                                                               AA--TGTT-TG-T--A-AA-GA-AG--T-TGG-A-T--A-C-CA-C-CA-TT-A-G-------T----TAT-TTGAA------ACC-TG--A--GCC-C-CGATA--T-TCTTTT-----ATT-C-----ATT-GAC-CTC--TTA---G-TT-TGC-CCAACA----T-AA-A-T--T-A-A-T-CCACA--G-AGG-T--TACA--C--TC------------------------------------AC--A-TT--AG-AA-A---A-T-T-T-A-----AGG-T--C-A-AATCCT-T-TTCG-A-A-A--GT-TT-TG--G--------------------T--A-AA-GAA--------AT--G--A--CG-TCCGG-TGA-GTT-TA-C-T-AGTAA-A-GG-AATT-CTT--GGCG-AT-
gi|133046                     :                                                                                                                    GTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-T-G-A-T--GAC-TA-T-CG-TT-A-T-------T----GAT-CTCAA------A-T-GT--AT-TGC-C-TGACA--T-ACGTTT-----ATT-T-----AGA-GAC-CC
gi|133047                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                ACA----T-AT-A-C--G-A-G-C-CCACA--TTAGG-T--TACA--T--TCACA--T-TAT-C----A-T-----AGA-----C-A--T--A-TT--AG-AA-G---C-T-T-T-G---C-AAG-T--CAA-GA---TGT-TTCA-----A--GT-CT-TG--GA-------------------T--A-TA-AAA--------CT--G--T--T--GTT---TTA-AA
gi|133048                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttttctaaatgggtccttctctgctttacttcgc-T--TACA--T--TCA-A--T-T-C-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--CG-AC-G---T-T-T-A-G---C-AAG-T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-T-A--GT-TT-TG--G--------------------T--A-TA-AAA--------CT--T--T--TG-TTTGG-TTA-AAT-TG-C-T-TGTAA-A-TG-AATT-TCT--AGTG-AT-AAGAA
gi|133049                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --TACA--T--TCA-A--T-T-T-C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--GG-AC-G---T-T-T-T-G---C-AA
gi|133050                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A--T--TCA----------C----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--GG-AA-G---AAT-TGT-G---C-ACG-T--C-ATGA---T-T-CTTA-C-C-A--GT-CT-GT--G--------------------T--A-TC-AAA--------CT--T--T--TG-

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    11111111111111111111                                                                            
lowQualScore                  :              1  4444444  1  222 2  1 1  1 222 222 2  66666 11   6666  1  1  2222  33 1  1  11 11   1  1 2 1    22    1  1 11 1  3  2  11 1  1 1 4444  2 1  1  1 2 1 222    2 0   11  11 1 1 1 2 1 1   1   555     44444   66666 22222      11  2  333 1  6  33    3333 2 2 4 22 1  999 1    5555   1 11    22222  1 1  1 444 33333 1 33333   33333 2 1  11 2  33  1 44 55555 1 2 1 1 1 55 22 33 2 1  444 1 1    77777 33  1  1  33 66666666666666666666 22 3  1     4444  44    1   1   2  4 2 1  2  2 2  2   2 2   33    2  2     
lowQualScore                  :              .  .......  .  ... .  . .  . ... ... .  ..... ..   ....  .  .  ....  .. .  .  .. ..   .  . . .    ..    .  . .. .  .  .  .. .  . . ....  . .  .  . . . ...    . .   ..  .. . . . . . .   .   ...     .....   ..... .....      ..  .  ... .  .  ..    .... . . . .. .  ... .    ....   . ..    .....  . .  . ... ..... . .....   ..... . .  .. .  ..  . .. ..... . . . . . .. .. .. . .  ... . .    ..... ..  .  .  .. .................... .. .  .     ....  ..    .   .   .  . . .  .  . .  .   . .   ..    .  .     
lowQualScore                  :              4  6666666  3  333 7  3 3  3 333 333 7  00000 88   0000  3  3  8888  22 3  3  88 88   4  2 4 2    77    1  1 66 1  4  4  66 2  2 2 3333  1 2  2  2 4 2 111    4 3   77  77 2 2 2 2 2 2   3   444     55555   99999 66666      99  3  888 4  6  00    0000 9 9 3 00 4  222 4    7777   4 88    11111  4 3  3 444 44444 4 44444   44444 8 4  99 8  33  4 33 00000 4 8 4 4 4 55 00 44 9 4  555 4 4    66666 88  6  6  88 88888888888888888888 33 3  7     7777  55    8   8   0  0 0 0  0  0 0  0   0 0   11    2  4     
consensus                     :      TTTTTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-TG-G-T--GNCCNC-CG-TT-A-T-T---AATT-TCAAA--TC--T-A-T-GNC-C-CGA-CATN--CGTTT-----ATT-T---A--GN-GACCCC--TTNGT---T-TCTCC-CAACA----T-ATA-T--G-AG-C-C-CACA--T-AGG-T--TACA--T--TC-A-AT-T-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-T-G-C-A-GG--T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTG--TCG-TTCGG-TTA-AAT-TG-C-TNGT-AA-A-TG-AAT-T-TCC--AGTG-AT-AAGAA
Reference ( family-514 )      :      TTTTTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-TG-G-T--GNCCNC-CG-TT-A-T-T---AATT-TCAAA--TC--T-A-T-GNC-C-CGA-CATN--CGTTT-----ATT-T---A--GN-GACCCC--TTNGT---T-TCTCC-CAACA----T-ATA-T--G-AG-C-C-CACA--T-AGG-T--TACA--T--TC-A-AT-T-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-T-G-C-A-GG--T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTG--TTG-NTTGG-TTA-AAT-TG-C-TNGT-AA-A-TG-AAT-T-TCC--AGTG-AT-AAGAA
gi|133011                     :      TTTTTTTC-TA------TGA-TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG----AA--T-GG-TC--G--GGG-AA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-TG-A-T--GACCTC--G-TT-A-T-T---AATC-TCAAA--TT--T-A-T-GGC-C-CGG-CATA--CGTTT-----ATT-T---A--GA-GACCC---TTGGT---T--CTCC-CGACA----T-ATA-T--G-AG-C-C-CACA--T-AGG-T--TACA--T--TC-A-AT---C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-T-G-C-A-AG--T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTG--TTG-GTTGG-TTA-AAT-TG-C-TAGT-AA-A-TG-AAT-T-TTC--AGTG-AT-AAGAA
gi|133012                     :     atTTTTTTC-TA------TGA-TT---T-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--AAT----AA-TA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAC--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-TG-A-T--GACCTT-CG-TT-A-T-T---AATC-TCAAA--TA--T-A-T-GGC-C-TGG-CATA--CGTTC-----ATT-T---A--GA-GACCCC--TTGGA---T-TC-CC-CGACA----T-ATA-T--G-AG-C-C-CACA--T-AGG-T--TACA--T--TC-A-AT-C-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-C-G-C-A-AG--T--C-A-AG---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------TAAA-AA-AAACTG--TTG-GTTGG-TCA-AAT-TC-C-TTGT-AA-A-TA-AAT-T-TTC--AGTA-AT-AAGAA
gi|133013                     :   ataTTTTTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGAGAAAT-T-AAAA--TGTT-TAAT--A-AA-GA-AG--T-TG-G-T--GGCCTC-CG-TT-A-T-T---AATA-TCAAA--TC--T-A-T-GAC-C-CGA-CATA--CGTTT-----ATT-T---A--AA-GAATCCGTTTTGT---T-TCTCC--AACA----T-ATA-T--G-AG-T-C-CACA--T-AGG-T--TACA--T--TC-A-TT-T-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--GG-AA-G---A-T-T-T-G-C-A-CG--T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTG--TTG-TTTGG-TTA-AAT-TT-C-TTGT-AA-A-TG-AAT-T-TCT--AGTG-AT-AAGAA
gi|133014                     :    atTTTTTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-A-CT-T-------C-AT-----A--GAT----TA-GA-TG--C-AA--T-GG-TC--G--GGAGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AAAGA-AG--T-TG-G-T--GGCCTC-CG-TT-A-T-T---AATT-TCAAA---C--T-A-T-GAC-C-GCA-CATA--CGTTT-----ATT-T---A--AAAGATCCC--TTTGT---T--CTCC--AACA----T-ATA-T--G-AG-T-C-CACA--T-AGG-T--TACA--T--TC-A-AT-T-C-C-----G-T-----AGA-----CAA-AC--A-TT--GG-AA-G---A-T-T-T-G-C-A-CG--T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-C------G--------------------T--A-GA-AAACTG--T---GTTGG-TTA-AA--TG-C-TTGT-AA-A-TG-AAT-T-TCT--AGTG-AT-AAGAA
gi|133015                     :    atTTTTTTTT-TA------TAA-TT---C-TT-A-CT-T---T---T-AT-----A--GAC----AA--A-TG--G-AAAAT-GG-TC--G--GGA-AG-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AG-AA-TG--T-TG-G-T--GGCCTC-CG-TA-A-T-G---AAAT-TCAAA--TC--T-A-CAGGC-C-CGA-CATA--CGTTT-----ATT-A---A--AA-G--TCC--TTTGT---TGTCT-C-CAACA----TAATA-T--GAAG-T-C-CACA--T-AGGTT--TACA--T--TC-A-AT-T-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TTG-GG-AC-G-----T-T-T-G-C-A----------A-AG---T-T-T---------------T-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTA--TTGTTTTGG-TTA-AAT-TGCC-TTGT-AA-A-TG-AAT-T-T
gi|133016                     :    atTTTTTTTC-TA------TAA-TT---CCTC-A-CT-C---TTTCC-AT-----A--GAT----A--GA-TG--A-AA--T-GG-TCAAG--GAGGAA-T-TTAAAA--TGTTATA-T--A-AG----AG--T-TG-G-TTTGGCCTC-CGCTT-ACT-T---AATT-TCAAA--TC--T-A-T-GGA-C-CGA-CACTAACGTTCCTTAAATT-T---AAAGG-GGCCC----TTGT---T-TCTCC--AACA----T-ATA-T--G-AG-GGC-CACA--T-AGG-TATTACA--T--TC-A-ATAT-C-C-----G-T-----AGA-----C-AGAC--A-TT--GG-AA-G---A-T-T-T-GGC-A-CGACT--C-A-GAAT-T-T-TCCA-C-C-AA-GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTG--TTC-TTTGGCTTACAGT-TG-C-TTGT-AA-A-TGAAAT-T-TTCTAAGTGAAT-AAAAAt
gi|133017                     :     acTTTTTTC-TA------TGA-TT---C-TA-A--T-T---T---C-ATT----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-CC------GGGAA-T-A-AAAT--TGTT-TA-T--A-AA-GAGAG--T-TGAG-T--GACCTT-CG-TT-A-T-T---AA-T-TCAAA--TC--TCA-T-GGC-C-TGA-CATA--CGTTT-----A-T-T---A--GA-GA-CCC--TTGGT---T-TTCCC-CGACA----T-ATACC--G-AG-C-C-C-CA--T-AGG-T--TACA--TTCTC-A-AT-T-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--ATTT--AG-AC-G---A-T-TCT-T-CAA-AG--TTCC-A-GT---T-T-TTCC-C-C-A--GT-CT-TT--GCGTAATTTCACTTAGAAATTT--A-TA-AAATGA--TTG-GATTG-TT--AAT-TGCC-TAGT-AATA-TG-ATTCT-TCG--AGTG-AT-AAGAA
gi|133018                     :   ataTTTTTTAC-TA-------AT-TT---C-TC-A-CC-TCGTT---C-AT-----A--GAT----AATGA--G--G-AA--T-GG--C--G--CGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AAGTT-TG-A-T--G-CCTC-CG-TT-A---T---AATT-TCAAA--TT--C-T-T-GAC-C-C-A-CATA--CGTTT-----A-T-T---A--AA-AATCCC--TT-GTA--T-TCTCC-GTATA----T-ATA-T--G-AG---C-CACA--T-A-G-T--TACACCT--TC-A-AT-T-C-C-----G-T-----ATG-----CAA-AC--A-TT-----AC-G---T-T-T-T-G-C-A--G--T--A-A-GT---C-T-TTCA-C-C-A--GT-TT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACGC--CTG--TTGT-TTA-AAT-GT-C-TTGT--A-A-T--AAT-T-CTC--A-TG-ATCGAGAA
gi|133019                     : atttgTTTTTTTC-TA------AAA-TT---C-TA-A-CT-T---T---C-AT-----T--GAC----AG-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--A--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--A-AA-AA-AG--T-TG-G-T--TTCCGC-CA-TT-A-T-T---AATT-TGAAA--TA--T-A-T-GCC-C-CGA-TATT--CTTTT-----GTT-G---A--GT-GACCCC--TTCG----T-TCCCC-CAACA----T-A------A-AG-------------AGG-G--TACA--C--TT-A-AT-A-G-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A-C-A-GG--T--T-G-AA---T-C-TTTA-
gi|133020                     :    atTTTTTTTC-TAAAATTCTAAATT---C-TA-A-CT-T---T---C-AT-----T--G-C----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--A--ATGGAA-T-T-GAAA--TGTT-TG-T--A-CA-AA-AG--T-TG-G-T--TTCCGC-CA-TT-A-T-T---AATT-TGAAA--TA--T-A-T-GCC-C-CGA-TATT--ATTTT-----GTT-G---A--AT-GA-CCC--TTAGT---T---CCC-CAACA----T-AAA-T--C-AA-A-C-CACA--G-AGG-G--TAAA--C--TC-A-AT-T-G-C-----G-T-----A-A-----C-A-A---A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A-C-A-GG--T--C-A-AA---T-T-TTCG---A-A--TT-TT-TG--A--------------------T--A-CA-GAAATT--ACG-TCCTG-TGA-TGT-TA-C-TAGT-AA-A-GG-AAT-T-CCT--AATG-A
gi|133021                     :    atTTTTTTTCGTA------TAA-TT---C-TC-A-CT-G---T---C-AT-----A---AT----AG-GA-TG----AA--T-GGCTC--T--GGG--A-T-T-TAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-GG-A-T--GGCCT--CG-TT-ATT-T---AATT-TCAAAGTTC--T-ATT-GAT-C-CAA-CATA--CGTTT-----ATT-T---A---A-GATCCC--TTTGT---T-TCT-C-CAACA----T-ATA-T--G-AGTT-C-CACA--T-AGG-T--
gi|133022                     :       aTTTTCC-TA------AAA-TT---C-TC-A-CT-C---T---C-AT-----G--GAA----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--C--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-GA-AA-AG--T-CG-G-T--TACCAG-CA-T----T-C---AATA-TCATA--TC--
gi|133023                     : atttaTTTTTCTC-TA------AAA-TT---C-T-------T---T---C-AT-----T--GAC----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TG--A--GGAGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-CA-AA-AG--T-TG-G-T--TTCCAC-TA-TT-A-T-T---AATT-TGAAA--TA--T-A-T-GCC-C-CAA-TATT--CTTTT-----GTT-G---G--GT-GACCAC--TTAGT---T-TC-CA-CAAGA----T-AAA-T--C-AA-A-C-CACA--G-AGG-G--TACA--C--TC-A-AT-T-G-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AA-AA-G---A-T-T-T-A-C-A-GG--T--C-A-AA---T-T-TTCG-A-A-G--GT-TT-TC--G--------------------T--A-CA-GAAATT--ACG-TCCTG-TGA-GAT-TA-C-TTAT-AA-A-GA-AAT-T-CCT--CGTG-AT-aaa
gi|133024                     :     tTTTTCCCC-TA------AAA-TT---C-TA-A-CT-T---T---C-AT-----T--GAC----AA-GA-TG--G-AA--T-GC-TC--A--GGAGAA-T-C-AAAA--TCCT-TG-T--A-TA-GA-TG--T-TG-G-T--TACCAC-CA-TT-A-T-T---TATT-TGAAA--TC--T-G-T-TCC-C-CGA-TATT--CGTTT-----GTT-G---A--AT-GATCCC--TTAAT---T-TC-CC-CAACG----T-AAA-T--C-AA-A-C-CACA--G-AGG-G--TACA--C--TT-A-GT-T-G-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A-A-A-GG--T--C-A-AA---T-T-TTC
gi|133025                     :     tTTTTTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-AA-TG--A-AG--T-GG-TC--G--GGAGAA-T-T-AAAA--TGT
gi|133026                     :     tTTTTTTTC-TA------TGA-TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--A-AA--T-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-TG-A-T--GTCCGC-CG-TT-A-T-T---AATC-TCAAA--TT--G-A-T-GGC-C-CGG-CAGA--CGTTT-----ATT-T---A--GA-GACCCC--TTGGT---T-CCTCC-CGACA----T-ATA-T--G-AG-C-C-CACA--T-AGG-T--TACA--T--TC-A-AT-C-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-G---A-T-T-T-G-C-A-AG--T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-CT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTG--TTG-GTTGG-TTA-AAT-TG-C-TAGT-AA-A-TG-AAT-T-TTC--AGTG-AT-AAGAA
gi|133027                     :      TTTCTTTC-TA------AAT-TT---C-TA-A-TT-T---T---C-AT-----T--GAC----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--A--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--A-CA-AA-TG--T-TG-G-T--TTCCGC-CA-TT-A-T-T---AATT-TGAAA--TA--T-A-T-GTC-C-CTA-TATT--CTTTT-----GTT-G---A--GT-GACCTC--TTAGT---T-TCT-C-CAACA----T-AAA-TCAA-AG-C-A-CAGA--T-AG-----TACA--C--TT-A-TT-T-G-C-----G-T-----TGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-C-T-A-C-A-GA--T--C-A-AA---T-T-TT---C-C-AAGGT-TT-TG--G--------------------T--A-GA-GAAATT--ACG-TCCTG-TTG-GAT-TA-C-TAGT-AA-A-GG-AAT-T-CCT--AGTG-AT-
gi|133028                     :      TTTTTTTT-TA------AAA-TT---C-TA-A-CT-T---T---C-AT-----T--GAC----AG-GA-TG--G-AA--T-GG-CC--A--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTG-TG-T--T-CA-AA-AG--T-TG-G-T--TTCCAC-CA-TT-A-T-T---AATT-TGAAG--TT--T-T-C-GCC-C-CGA-TATT--CTTTT-----GTT-G---A--GT-GACCCT--TTCGT---T-TC-AC-CAACA----T-TAA-T--C-AA-A-C-CACA--G-AGG-G--TACA--C--TC-A-AA-A-G-C-----G-T-----AGA-----C-T-AC--A-TT--AG-AA-G---A-T-T-T-A-C-A-GG--T--C-A-CA---T-T-T
gi|133029                     :      TTATTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-AACT-T---T---C-CTT----A--GAT----AA-GA-TGTTT-AA--T-GA-TC--G--GGGGAG-T-T-AAAA--TG-T-TA-T----AA-GA-AG--T-TG-A-T--GGCCTC-CG-TT-A-T-T---AATT-TCAAA--TC--T-A-T-GAC-C-
gi|133030                     :      TTTTTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGAGAG-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-TG--T-TG-G-T--GGCCTC-C
gi|133031                     :      TTATTTTT-TA------TGA-T----A-TC-A-AT-T---G-----AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGG-AA-TAT-AAAG--T----TA-T--A-AA-GA-AG--TATG-A-T--GACTTC----TT-A-T-T---AATC-TCAAA--TA--T-A-T-GAC-C-TGA-CATG--CGTTT-----CTT-T---A--
gi|133032                     :      TTTTTCTC-TA------AAA-TC---CAGA-A-CT-T---T---C-AT-----T--GAC----AA-GA-TG--GGAA--TCGG-TC--G--G---AA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--ATTA-TA-AA--T-TG-G-T--TTCC-C-CA-TT---T-T---AATT---GAA------T-A-T-GT--C-CGA-TATC--TTTTT-----TTT-TTTGA--GT-GACTCA---TAGTAAGA-TC-CC-CAACA----T-AT------------C-AAAA--C-AGG-G--TAC---C--TC----T-T-G-C-----G-C-----------------AC--A-TT--AG-A--A---A-T-T-T-A-C-A-GG--T--C-A-AA---T-T-T--A-CGA-A--GT-TT-TG--G--------------------
gi|133033                     :     ttTTTTTTG-TA------TGA-TT-----TC-A-CT-T---T---CCAT-----A--GATCTATAA-GA-TG--G-AA--T-GG-CC--G--GGG-AG-T-T-AAAAATTTTT-TG-T--A-AA-GA-TG--G-TG-A-T--GACCCT-CG-TTCA-T-T---AATC-TCATA--TC--T-A-T-GAC-C-TGA-CATCA-CATTT-----ATT-TT--A--GA-GATCCC--TTGGT---T-TCCGC-GAATACTAGT-ATA-T--G-AG-C-CACA-A--T-AGG-T--TACA--T-----A-AT-T-C-C-----A-T-----AGA----------------------AC-----A-C-T-T-G-C-A-CG--TG-C-A-TA---T-T-TTCA-C-C-A--GT-C--CG--G--------------------C--ACTA-AAATTG--TTG-GTTGG-TTA-AAT-TG-C-TTGT--A-A-TG-ATT-T-TCC--AGTG-AA-AAGAA
gi|133034                     :       TTTTTTC-TA-------AA-TT---C-TA-A-CT-T---T---T-ATTGACAA--AATGC--AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--T--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TG-T--A-CA-AA-AG--T-TT-G-T--TACGAC-CA-TT-A-T-T---ATTT-TGAAA--TA--T-A-T-GCC-C-CGA-TATT--CTTTT-----GTT-G---C--GT-GACCCC--TTAGT---T-T-TCC-CAACA----T-AAA-T--G--------TAAA--TCAGA-T--CACA--T--------------C-----G-------GG--------A-AC--A-CTCAAG-AA-G---A-T-T-T-A-A-A-GG--T--C-A-AC---T-T-TTCG-----A--G------G--G--------------------T--A-GA-GAAATT--ACG-TCCTG-TGA-GAT-TA-C-TAGT-AA-A-GG-AAT-T-CCT--AGTA-AT-
gi|133035                     :       TCTTTTC-TA------TGA-TT---G-TC-A-TT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGGGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-G
gi|133036                     :        TTTTTC-TA------TAA-TT---C-TC-A-CT-T---T---CCAT-----A--GATT---AA-GA-TG----AA--T-G---C--G--GGG-AG-T-T-AAAA--TGTT-AA-T--A-A--GA-AA--T-TG-AAT--AGCCTC-CG-TT---T-T---A--T-TCAAA--TC--T-A-T-GAC-C--GATCATA--CGTTT-----ATTCT---A--AA-GATCC---TTTGT---T-TCTCAACAACA----T-ATAAT--G-AGGT-C-CACA--T-AGG-T--TACA--A--TCAA-AT-T-C-CCCCGGG-TTCAAAAGAAAACCC-A-ACAAA-GT--GGCAC-G---T-T-T-TGG-C-A-AG--T--C-A-GA---T-TCTTCA-C-CAA--GT-TT-TGT-A--------------------T--A-GA-AAGCTC--TTG-TTTGG-TTA-AAT-TG-CTTTGT-AA-ATTG-AAT-T-CCT--AGTG-AT--AGAA
gi|133037                     :         TTTTC-TA------TG--TT---C-TCCA-CT-T---T---T-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AAA-T-GG-TC--G--GG---A-T-T-AAAA--TGTT--A-T--A-AATGA-AG--T-TG-A-T--GACTAT-CG-TT-A-T-TTTTGATTCTCAAA--TCGTT-A-T-G-C-C-TGA-CATA--CGTTT-----ATT-TC--A--GA-GACCCC--TGGGT---T-TC-CC-CGACA----T-AT--T--G-A--C-C-CACAAAT-AGG-T--TACA--T--TC-A-A--T-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--AG-AC-GAT-A-T-T-T-G-C-A-AG--T--A-A-GA---T-T-TTCA---C-A--GC-CTGTGAAA--------------------T--A-TA-AAACTG---TG-GCTGG-TTA-AATATG-C-TAGT-AA-A-TG-AAT-TGTTC--AGTG-AT-AAGAA
gi|133038                     :         TTTTT-TA------TAA-TTGTTC-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--GGAA--T-GG-C------GGGAAA-T-T-AAAAA-TGTT-TA-T--A-AAAGA-AG--T-TG-T-T--GGCCTC-CG-TT-A-T-T---AATT-TCAAA--TC--T-A-T-GAC-C-CGA-CATA--CGTTT-----
gi|133039                     :           TTC-TA------TA--TT---C-TA-A-CTGT---T---C-AT-----AAGGAT----AA-GAATG--G-A---T-GG-TC--GCGGGGGAA-TGT-AAAA--TGTT-TA-TTGA-AG-GATAG--T-TG-A-T--ACTTGA-CG-TT-T-T-T---TATT-CTCAA--TT--T-A-A-GGC-CGTGA-CATTG-CGTTTT----ATT-TC--A--GA-GACCCC--TTGG-------CTCC-CGACA----TTAGA-T--G-AT-C-C-CA----T-AGG-T--TACA--T--T--A-AT---C-C-----G-T------GA-----C-A-TC--T-TG--AG-AC-T---A-TGT-T-G-C-AAGG--T--C-A-AA---T-T-TTCA-CGC-A--GTTCT-TG--G--------------------T--AGTA-A--CTGATTTG-GTTGG-TCA-A-T-TG-C-TTATTAA-A-TG-AAT-T-TTC--AGTA-AT-AAGAA
gi|133040                     :                          -TT---C-TC-A-CT-T---T---C-AT-----A--GAT----AA-GA-TG--G-AA--T-GG-TC--G--GGAGAA-T-T-AAAA--TGTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-CG-G-T--GGCCTC-CG-TT-A-T-T---AATT-TCAAA--TC--T-A-T-TAC-C-CGA-CATA--CGTTT-----ATT-T---A--AA-GATCCC--TTTGT---T-TCTC
gi|133041                     :                                                                                            --G--GGGGAG-T-C-GAAA--TGTT-TG-T--A-CA-GA-AG--T-TG-A-T--TACCAC-TA-AT-A-TCT---TGTTGT--AA--TC--T-T-T-GCC-C-CGA-TTTT--CTTTT-----GTT-G---A--GT-GGCTCC--TTAGT---T-T-TCC-CAACA----T-AAA-A--G-GA-T-C-CACA--A-AGG-T--AACA--A--TC-A-AT-T-G-T-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TC--GG-AC-G-----C-T-T-G--------------A-AA---T-A-TT--------------T-TG--G--------------------T--A-CAGAAACTA---CA-TCCAG-TGA-GAT-TA-C-TAGT-AA-A--G-GAT-T-T
gi|133042                     :                                                                                                  GGGAA-T-T-GAAC--TGTT-TA-T--A-GA-GA-AG--C-CG-A-T--TTTTTC-TA-TC-A-T-C---AATC-TGAAA--TC--T-A-T-ATC-C-CAG-TTGT--CTTTT-----ATT-T---A--CT-GACCTC--CTAGT---T-TCTCT---ACG----T-AAA-T--C-GG-T-C-CACA--A-AGA-T--TGC--------------T-T-G-----G-T-----AGA-----T-A-G---A-GT--GT-ACAG---A-T-T-T-T-C-A-GG--T--C-A-AA-------TTCACC-C-A--GT-TC-TG--A--------------------T--A-
gi|133043                     :                                                                                                       -T-T-GAAA--TATC-TA-T--A-GA-GA-AG--T-TA-G-T--TACCAC-AA-TT-A-T-T---TATT-TGAGG--TA--T-T-T-GTC-C-CGA-TATT--CTTTT-----ATT-C---A--GT-GACCCT--TTAGT---T-TC-CC-CAACA----T-TAA-T--T-AA-T-C-AACA--A-AGG-T--TACA--C--TC-A-AC-T-
gi|133044                     :                                                                                                           -AAGA--TGTT-T--T-------GA-AG--T-TG-A-A--GGCCTCGCG-TT-A-T-T---AATT-TCAGA--TC--C-A-T-GACGC-CGA-CATT--CGTTT-----ATT-T---A--AA-GATCCC--TTTGT---T-TCTCC--GACA----T-ATAGT--G-AG-C-C-CACA--TAAGG-T--TCCA--T--TC-A-AT-T-CGC-----GTT-----TGA-----C-A-AC--AGTT--GG-AC-GCGAG-T-T-T-G-C-A-AG--T--CAA-GA---T-T-CTT--C-T-A--GT-CT-CG--GGT------------------C--A-TA-AAA-TG--TTG-TTCGG-TCA-
gi|133045                     :                                                                                                              AA--TGTT-TG-T--A-AA-GA-AG--T-TG-G-A--TACCAC-CA-TT-A-G-T---TATT-TGAAA--CC--T-G-A-GCC-C-CGA-TATT--CTTTT-----ATT-C---A--TT-GACCTC--TTAGT---T-T-GCC-CAACA----T-AAA-T--T-AA-T-C-CACA--G-AGG-T--TACA--C--TC------------------------------------AC--A-TT--AG-AA-A---A-T-T-T-A---A-GG--T--C-A-AATCCT-T-TTCG-A-A-A--GT-TT-TG--G--------------------T--A-AA-GAAATG--ACG-TCCGG-TGA-GTT-TA-C-TAGT-AA-A-GG-AAT-T-CTT--GGCG-AT-
gi|133046                     :                                                                                                                   GTT-TA-T--A-AA-GA-AG--T-TG-A-T--GACTAT-CG-TT-A-T-T---GATC-TCAAA--TG--T-A-T-TGC-C-TGA-CATA--CGTTT-----ATT-T---A--GA-GACCC
gi|133047                     :                                                                                                                                                                                                                                           C--TTTAC---T-TCGC----ACA----T-ATA-C--G-AG-C-C-CACAT-T-AGG-T--TACA--T--TC-ACAT-TAT-C-----A-T-----AGA-----C---AT--A-TT--AG-AA-G---C-T-T-T-G-C-A-AG--T--CAA-GA---TGT-TTCA-----A--GT-CT-TG--GA-------------------T--A-TA-AAACTG--TTG-TT----TTA-AA
gi|133048                     :                                                                                                                                                                                                                                                                             ttttctaaatgggtccttctctg-T--TACA--T--TC-A-AT-T-C-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--CG-AC-G---T-T-T-A-G-C-A-AG--T--C-A-GA---T-T-TTCA-C-T-A--GT-TT-TG--G--------------------T--A-TA-AAACTT--TTG-TTTGG-TTA-AAT-TG-C-TTGT-AA-A-TG-AAT-T-TCT--AGTG-AT-AAGAA
gi|133049                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TACA--T--TC-A-AT-T-T-C-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--GG-AC-G---T-T-T-T-G-C-A-
gi|133050                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AT-T-CAC-----G-T-----AGA-----C-A-AC--A-TT--GG-AA-G---AAT-TGT-G-C-A-CG--T--C-ATGA---T-T-CTTA-C-C-A--GT-CT-GT--G--------------------T--A-TC-AAACTT--TTG-a