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lowQualScore                  :     . . . . . . . ...    . ... . . . . . . . ..  . .  .     .. ...  .  .  ... .. ..... . . .  ... ...     
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Reference ( family-441 )      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
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gi|17165                      : GAAT-G-G-G-C-G-CCT---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-----ACAA--T---A--AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATAGG
gi|17166                      : GAAT-G-G-G-C-A-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA----AA---------AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17167                      : GAAT-G-G-G-C-A-C-T---CAGA-G---G-T-------T-A-A--AC-A-CA-CACAAACT---AC--C-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATG
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gi|17170                      : GAAT-G-G-GGC-G-C-T---CAGA-GTGAG-T-ATA-A-TTA-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC------------A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17171                      : GAATAG-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AT-AC---
gi|17172                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A-----------ACAA--T---AC-AC-AC---A--GTATATA-G---AG---A---ATGGG
gi|17173                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G-----T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-A--AC---A--A-----G-G-TCAG---AG--ATGG
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gi|17185                      :   AT-G-GCG-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-C-A-A--AC-A-CA-T------T---AC-AC-ACAGTA--G-----A-G-T-AG---A---ATG
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gi|17187                      :   AT-G-G-G-C-A-C-T---CATA-GA--G-T-ATA-A-T-A-AC-AC-A-CA-CACA---T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATCGG
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Alignments
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lowQualScore                  :     . . . . . . . ...    . ... . . . . . . . ..  . .  .     .. ...  .  .  ... .. ..... . . .  ... ...     
lowQualScore                  :     8 5 2 7 8 8 8 222    3 444 8 8 6 8 8 4 8 88  6 6  6     99 444  8  8  444 88 99999 7 7 8  333 111     
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Reference ( family-441 )      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
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gi|17187                      :   AT-G-G-G-C-A-C-T---CATA-GA--G-T-ATA-A-T-A-AC-AC-A-CA-CACA---T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATCGG
gi|17188                      :   AT-G-G-G-C-G-C-T---CAGAGG---G-T-A-A-A-A-T-A--AC-A-CT-CACAA--T---GC-AC-AT------G-----A-G-T-AG---A---ATGG
gi|17189                      :             -G-C-T---CAGA-G---G-T-A-AGA-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AT-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATAGG


blockSeqs                     :       T T G       TCA    A TGA     T     A   TA  A T  G     AC AAC        AGT GG TATAT G T    ATA TAG
blockSeqs                     :       T C G       T      A TA      T     T   T   A A  C     T  .          .   G  AC    G T    A   T  
blockSeqs                     :       C T .       .      A A       .     T   C   . .  .     .  .          .   T  T     . .    .   G  
blockSeqs                     :       . C .       .      G .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  A     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . C .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :       . . .       .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .   .  .     . .    .   .  
blockSeqs                     :                   .      . .       .     .   .   . .  .     .  .          .                          


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
finalCons                     : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG





Alignments
lowQualScore                  :     0 2 4 1 0 0 0 222    3 333 0 0 1 0 0 2 0 22  1 1  1     11 111  0  0  111 22 44444 1 1 0  222 333     
lowQualScore                  :     . . . . . . . ...    . ... . . . . . . . ..  . .  .     .. ...  .  .  ... .. ..... . . .  ... ...     
lowQualScore                  :     8 5 2 7 8 8 8 222    3 444 8 8 6 8 8 4 8 88  6 6  6     99 444  8  8  444 88 99999 7 7 8  333 111     
consensus                     : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
Reference ( family-441 )      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17141                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AT-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17142                      : GAAT-G-G-GGC-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17143                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----AGG-T-AG---A---ATGGG
gi|17144                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CTCAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17145                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAT--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17146                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-A---G-TTA-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17147                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---AG-G-----A-G-T-AG---A---ATGAG
gi|17148                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G---A-A-A-TAA-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17149                      : GAAT-G-G-G-C-G-T-T---CAGA-G---G-T-A-A-AAT-A-A--AT-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGG
gi|17150                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CAC-A--T---AC-AT-AC---A--G-----A-C-T-AG---A---ATGGG
gi|17151                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGAAG---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAAT-T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---AT--ATGGG
gi|17152                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--------A-CACAA--T---AC-AC-AC---AGGG-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17153                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-----------A-A--A--A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17154                      : GAAT-GTG-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T---A-A-T-A-A--ACAA-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--GAC---A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17155                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAT--T---AC-AC-A----A--G-----A-G-T-AGA--A---ATGGG
gi|17156                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-AT-AC-A-C--CACAA--T---AC-A--AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17157                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A---T-A-A--AC-A-C-----AA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATG
gi|17158                      : GAAT-G-G-G-C-A-C-T---C-GA-G-----T-A-A-A-T-A-A--AC-A-C---ACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17159                      : GAAT-G-GTG-C-G-C-T---CAGAAG---G-T-A-A-A-T-A-ATAAC-A-CA-CACAT--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17160                      : GAAT-G-G-G-C-A-C-T---CGGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A---C-A-CA-CTCAA--T---TC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17161                      : GAAT-G-G-G-C-A-C-T---CAGA-G---G---------T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--C-----A-GTT-AG---A---ATGGG
gi|17162                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA------------AT-AC-AC---T--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17163                      : GAAT-GTG-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-G-T-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CTCAA--T---TC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17164                      : GAAT-GCG-G-C-A-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-------C-A-CA-CACAA--TAACAC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17165                      : GAAT-G-G-G-C-G-CCT---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-----ACAA--T---A--AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATAGG
gi|17166                      : GAAT-G-G-G-C-A-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA----AA---------AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17167                      : GAAT-G-G-G-C-A-C-T---CAGA-G---G-T-------T-A-A--AC-A-CA-CACAAACT---AC--C-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATG
gi|17168                      : GAAT-G-G-G---G-T-C---CAGA-G---G-T-A-A-A-----------A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----AGG-T-AG---A---ATGGG
gi|17169                      : GAAT-G-G---C-G-C-T---CAGA-G---G-T---A-A-T-ATA--AC-A-CA-CA-AA--T---AC-AC-AC---A--GT----A-G-C-AG---A---ATGGG
gi|17170                      : GAAT-G-G-GGC-G-C-T---CAGA-GTGAG-T-ATA-A-TTA-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC------------A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17171                      : GAATAG-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AT-AC---
gi|17172                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A-----------ACAA--T---AC-AC-AC---A--GTATATA-G---AG---A---ATGGG
gi|17173                      : GAAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G-----T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-A--AC---A--A-----G-G-TCAG---AG--ATGG
gi|17174                      : GAAT-G-GCG-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CAATT--T---ACAAT-AC---A--A-----A-G-T-AG---ATAGATGGG
gi|17175                      : GAAT-G-A-G-C-A-C-T---CAGA-G-----T-A-A-A--------AC-A-CA-CACAA--T---AC-AT-AC---A--G-----A---T-AG---A---ATGGG
gi|17176                      : GAAT-A-G-G-G-T-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-----------C-A-CA-CACCA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGGG
gi|17177                      : GAAT-G-GTG-C-G-C-T---CAAA-G---G-T-A-A-A-TTA-A--AC-G-GAGCACAT--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-C-AG---A---ATG
gi|17178                      :  AAT-G-G-G-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---
gi|17179                      :  AAT-G-GCG-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--GA----A-G-T-AG---A---ATGG
gi|17180                      :  AAT-G-G-G-CCG-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-T-A-A--ACAA-CA-CACAA--T---AC-ATAAC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATG
gi|17181                      :  AAT-G-G-G-C-A-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A---------C-A-CA-CACAA--T---AC-AC-AC---A--G-----A-G---AGATAA---ATGGG
gi|17182                      :  AAT-G-G-G-C-GAC-T---CAGA-G---G-T-A-A---T-A-A--AC-ATCA--ACAA--T---AC-AC-AC---AT-G-----A-G-T-AG---A---ATGG
gi|17183                      :  AAT-G-G-G-C-G-C-TT--CAGAAG---G-T-A-A-A-T-A-A--AC-A-CACCACAT--A---AC-AC-AC---A--G-----A-GTT-AG---A---ATGG
gi|17184                      :  AAT-G-G-G-C-A-C-CTCACAGA-G---GCT-A-A-A-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---A--AC-AC---A--G-----A-T-G-AG---A---ATGGG
gi|17185                      :   AT-G-GCG-C-G-C-T---CAGA-G---G-T-A-A-A-C-A-A--AC-A-CA-T------T---AC-AC-ACAGTA--G-----A-G-T-AG---A---ATG
gi|17186                      :   AT-G-G-G-C-G-C-T----AGA-GTA-G-T-A-A-A-T-T-A--AC-AACA-CAAAA------AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATGG
gi|17187                      :   AT-G-G-G-C-A-C-T---CATA-GA--G-T-ATA-A-T-A-AC-AC-A-CA-CACA---T---AC-AC-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATCGG
gi|17188                      :   AT-G-G-G-C-G-C-T---CAGAGG---G-T-A-A-A-A-T-A--AC-A-CT-CACAA--T---GC-AC-AT------G-----A-G-T-AG---A---ATGG
gi|17189                      :             -G-C-T---CAGA-G---G-T-A-AGA-T-A-A--AC-A-CA-CACAA--T---AC-AT-AC---A--G-----A-G-T-AG---A---ATAGG