lowQualScore : 2 2 7 2 3 2 444 2 2
lowQualScore : . . . . . . ... . .
lowQualScore : 4 4 1 2 4 2 111 5 5
consensus : CAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACCGG-TAACAATT---AATTA-CA-ATAT
Reference ( gi|110092 ) : CAGTG-ATCAAT-TCAGTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACCGG-TAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110077 : CAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ACCCAAATAAAGAATACAAAATTACCGG-TAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110078 : aaCAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ACCCCTATAAAGAATATAGAATTACAGG-TAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110079 : aaCAGTG-ATCAAT-TTTGTA-ACTCCTATTAAGAATACAAAATTACCGG-TAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110080 : aaCAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ACTCCTATAA-GAATACAAAATTACCGG-TAGCAATT---AATTA-CA-ATGTaca
gi|110081 : aaCAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ATTCCTATAAAGAATGC-AAATTACCGG-TAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110084 : aaCAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTTCCGG-CAACAATA---AATTA-CA-aca
gi|110082 : aaCAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ACCCCTATAATGAATACAAAATTACCGG-TAACAATTTTAAAGTA-CA-GTATgaaaca
gi|110083 : aaCAGTG-AT-AAT-TTAGTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAA-TATCGG-TAACGATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110085 : aaCAGTG-ATCAATCTAAGTG-ACCCCTATAACGAATACAAAATAACCGG-TAACAATT---AATTG-TG-ATATaca
gi|110086 : aaCAGTG-ATGAAT-TTAGTA-ACTCCTATAAAGAATGT-AGATTACCTG-TAACAATT---AAGTA-CA-ATATaca
gi|110087 : agCAGTGTATCGAT-TTAGTA-ACCCCTATAGAGAATAC-TAATTAACGG-TAACAATT---TATTA-CA-ACATaca
gi|110091 : aaCAGTG-ATCAAT-TTAGTA-ATAC-TGTAAAGAAT-CAAA-TTACCGGGTAACAATT---AATTA-CATATATata
gi|110090 : aCAGTG-ATCGAT-TTAGTA-ACCCCTATAGAG-ATAC-TAATTAACGG-TAACAATT---TATTACCA-ACATa
gi|110088 : aCAGTG-ATCAAT-TAAGTA-ACCCCTATAAAGATTACCAAATTACT-A-TAAAGATC---AATata
gi|110089 : aaCAGTG-ATCAAT-CTAATA-AACCCTATAAAGAATATGAAATTA
gi|110093 : aaAGTG-ATAAAT-TTTATA-ACTCCTATAAAGAATACAAAATTAACAG-T
gi|110094 : G-ATCAAT-TTAGTA-ACCTTTATAAGGAATACAAAATTACCAG-TAACAATT---AATTA-CA-GT
gi|110095 : GTATACTCTTATAAAGAATACAAGATTACCGG-TGACAATT---AATTA-CA-GTA
gi|110096 : CCCCTGTAAAGAATACAAAATTACTGG-TAACAATT---GATTA-CA-ATATaaca
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 5 2 333 2 2
lowQualScore : . . . . . ... . .
lowQualScore : 2 1 1 2 1 999 4 4
consensus : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
Reference ( family-842 ) : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110077 : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCAAATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110078 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATATAGAATTACA-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110079 : aaCAGTG-ATCAATTTT-GTA-ACTCCTATTAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110080 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACTCCTATAA-GAATACAAAATTACC-GGTAGCAATT---AATTA-CA-ATGTaca
gi|110081 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ATTCCTATAAAGAATGC-AAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110082 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAATGAATACAAAATTACC-GGTAACAATTTTAAAGTA-CA-GTATaca
gi|110083 : aaCAGTG-AT-AATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAA-TATC-GGTAACGATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110084 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTTCC-GGCAACAATA---AATTA-CA-aca
gi|110085 : aaCAGTG-ATCAATCTAAGTG-ACCCCTATAACGAATACAAAATAACC-GGTAACAATT---AATTG-TG-ATATgaaaca
gi|110086 : aaCAGTG-ATGAATTTA-GTA-ACTCCTATAAAGAATGT-AGATTACC-TGTAACAATT---AAGTA-CA-ATATaca
gi|110087 : agCAGTGTATCGATTTA-GTA-ACCCCTATAGAGAATAC-TAATTAAC-GGTAACAATT---TATTA-CA-ACATaca
gi|110088 : aaCAGTG-ATCAATTAA-GTA-ACCCCTATAAAGATTACCAAATTACT--ATAAAGATC---AATata
gi|110089 : aaCAGTG-ATCAATCTA-ATA-AACCCTATAAAGAATATGAAATTA
gi|110090 : aaCAGTG-ATCGATTTA-GTA-ACCCCTATAGAG-ATAC-TAATTAAC-GGTAACAATT---TATTACCA-ACAT
gi|110091 : aCAGTG-ATCAATTTA-GTA-A-TACTGTAAAGAAT-C-AAATTACCGGGTAACAATT---AATTA-CATATATata
gi|110092 : aCAGTG-ATCAATTCA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATa
gi|110093 : AGTG-ATAAATTTT-ATA-ACTCCTATAAAGAATACAAAATTAAC-AGT
gi|110094 : G-ATCAATTTA-GTA-ACCTTTATAAGGAATACAAAATTACC-AGTAACAATT---AATTA-CA-GT
gi|110095 : -GTATACTCTTATAAAGAATACAAGATTACC-GGTGACAATT---AATTA-CA-GTA
gi|110096 : CCCCTGTAAAGAATACAAAATTACT-GGTAACAATT---GATTA-CA-ATATaaca
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 5 2 333 2 2
lowQualScore : . . . . . ... . .
lowQualScore : 2 1 1 2 1 999 4 4
consensus : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
Reference ( family-842 ) : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110077 : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCAAATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110078 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATATAGAATTACA-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110079 : aaCAGTG-ATCAATTTT-GTA-ACTCCTATTAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110080 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACTCCTATAA-GAATACAAAATTACC-GGTAGCAATT---AATTA-CA-ATGTaca
gi|110081 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ATTCCTATAAAGAATGC-AAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110082 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAATGAATACAAAATTACC-GGTAACAATTTTAAAGTA-CA-GTATaca
gi|110083 : aaCAGTG-AT-AATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAA-TATC-GGTAACGATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110084 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTTCC-GGCAACAATA---AATTA-CA-aca
gi|110085 : aaCAGTG-ATCAATCTAAGTG-ACCCCTATAACGAATACAAAATAACC-GGTAACAATT---AATTG-TG-ATATgaaaca
gi|110086 : aaCAGTG-ATGAATTTA-GTA-ACTCCTATAAAGAATGT-AGATTACC-TGTAACAATT---AAGTA-CA-ATATaca
gi|110087 : agCAGTGTATCGATTTA-GTA-ACCCCTATAGAGAATAC-TAATTAAC-GGTAACAATT---TATTA-CA-ACATaca
gi|110088 : aaCAGTG-ATCAATTAA-GTA-ACCCCTATAAAGATTACCAAATTACT--ATAAAGATC---AATata
gi|110089 : aaCAGTG-ATCAATCTA-ATA-AACCCTATAAAGAATATGAAATTA
gi|110090 : aaCAGTG-ATCGATTTA-GTA-ACCCCTATAGAG-ATAC-TAATTAAC-GGTAACAATT---TATTACCA-ACAT
gi|110091 : aCAGTG-ATCAATTTA-GTA-A-TACTGTAAAGAAT-C-AAATTACCGGGTAACAATT---AATTA-CATATATata
gi|110092 : aCAGTG-ATCAATTCA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATa
gi|110093 : AGTG-ATAAATTTT-ATA-ACTCCTATAAAGAATACAAAATTAAC-AGT
gi|110094 : G-ATCAATTTA-GTA-ACCTTTATAAGGAATACAAAATTACC-AGTAACAATT---AATTA-CA-GT
gi|110095 : -GTATACTCTTATAAAGAATACAAGATTACC-GGTGACAATT---AATTA-CA-GTA
gi|110096 : CCCCTGTAAAGAATACAAAATTACT-GGTAACAATT---GATTA-CA-ATATaaca
blockSeqs : T A T A G TTA C T
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . C . . . .
blockSeqs : . . . G . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
finalCons : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 5 2 333 2 2
lowQualScore : . . . . . ... . .
lowQualScore : 2 1 1 2 1 999 4 4
consensus : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
Reference ( family-842 ) : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110077 : CAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCAAATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATAT
gi|110078 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATATAGAATTACA-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110079 : aaCAGTG-ATCAATTTT-GTA-ACTCCTATTAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110080 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACTCCTATAA-GAATACAAAATTACC-GGTAGCAATT---AATTA-CA-ATGTaca
gi|110081 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ATTCCTATAAAGAATGC-AAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110082 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAATGAATACAAAATTACC-GGTAACAATTTTAAAGTA-CA-GTATaca
gi|110083 : aaCAGTG-AT-AATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAA-TATC-GGTAACGATT---AATTA-CA-ATATaca
gi|110084 : aaCAGTG-ATCAATTTA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTTCC-GGCAACAATA---AATTA-CA-aca
gi|110085 : aaCAGTG-ATCAATCTAAGTG-ACCCCTATAACGAATACAAAATAACC-GGTAACAATT---AATTG-TG-ATATgaaaca
gi|110086 : aaCAGTG-ATGAATTTA-GTA-ACTCCTATAAAGAATGT-AGATTACC-TGTAACAATT---AAGTA-CA-ATATaca
gi|110087 : agCAGTGTATCGATTTA-GTA-ACCCCTATAGAGAATAC-TAATTAAC-GGTAACAATT---TATTA-CA-ACATaca
gi|110088 : aaCAGTG-ATCAATTAA-GTA-ACCCCTATAAAGATTACCAAATTACT--ATAAAGATC---AATata
gi|110089 : aaCAGTG-ATCAATCTA-ATA-AACCCTATAAAGAATATGAAATTA
gi|110090 : aaCAGTG-ATCGATTTA-GTA-ACCCCTATAGAG-ATAC-TAATTAAC-GGTAACAATT---TATTACCA-ACAT
gi|110091 : aCAGTG-ATCAATTTA-GTA-A-TACTGTAAAGAAT-C-AAATTACCGGGTAACAATT---AATTA-CATATATata
gi|110092 : aCAGTG-ATCAATTCA-GTA-ACCCCTATAAAGAATACAAAATTACC-GGTAACAATT---AATTA-CA-ATATa
gi|110093 : AGTG-ATAAATTTT-ATA-ACTCCTATAAAGAATACAAAATTAAC-AGT
gi|110094 : G-ATCAATTTA-GTA-ACCTTTATAAGGAATACAAAATTACC-AGTAACAATT---AATTA-CA-GT
gi|110095 : -GTATACTCTTATAAAGAATACAAGATTACC-GGTGACAATT---AATTA-CA-GTA
gi|110096 : CCCCTGTAAAGAATACAAAATTACT-GGTAACAATT---GATTA-CA-ATATaaca